Skip to main content

Table 4 Mean frequency, repeat count, and polymorphism by motif length and GC content in microsatellites with one allowed mismatched repeat position

From: Patterned sequence in the transcriptome of vascular plants

Length GC content simpfreq compfreq totfreq fracsimp simprepe comprepe simppoly comppoly
3 0 4.578 17.571 22.148 0.197 5.912 4.614 0.151 0.123
  0.333 7.923 27.527 35.45 0.211 5.789 4.508 0.156 0.157
  0.667 7.718 25.59 33.307 0.236 5.705 4.553 0.167 0.166
  1 11.949 38.208 50.157 0.246 5.698 4.472 0.144 0.158
4 0 1.466 11.444 12.91 0.121 4.224 3.156 0.122 0.11
  0.25 0.773 7.478 8.251 0.091 4.277 3.152 0.168 0.127
  0.5 0.366 3.009 3.375 0.105 4.25 3.13 0.19 0.13
  0.75 0.303 2.466 2.768 0.103 4.24 3.136 0.141 0.117
  1 0.217 2.475 2.692 0.067 4.179 3.064 0.13 0.132
5 0 1.364 71.877 73.241 0.016 3.11 2.015 0.117 0.113
  0.2 0.627 47.195 47.822 0.01 3.094 2.009 0.14 0.12
  0.4 0.295 31.143 31.438 0.008 3.123 2.007 0.15 0.129
  0.6 0.201 21.117 21.317 0.008 3.145 2.007 0.158 0.133
  0.8 0.173 17.65 17.823 0.008 3.115 2.007 0.138 0.13
  1 0.248 25.358 25.607 0.007 3.065 2.008 0.12 0.125
6 0 0.019 6.452 6.471 0.003 3.096 2.009 0.141 0.11
  0.167 0.039 6.483 6.523 0.005 3.136 2.01 0.155 0.118
  0.333 0.045 4.697 4.741 0.008 3.121 2.011 0.176 0.13
  0.5 0.061 4.169 4.231 0.012 3.18 2.017 0.194 0.142
  0.667 0.055 2.999 3.054 0.015 3.158 2.025 0.196 0.147
  0.833 0.094 3.778 3.871 0.019 3.199 2.031 0.191 0.146
  1 0.089 3.137 3.226 0.015 2.58 2.019 0.193 0.137