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Table 5 Comparison of microarray mRNA expression levels to relative expression levels determined by quantitative real time PCR (qRT-PCR).

From: Genome-wide gene expression profiling analysis of Leishmania major and Leishmania infantum developmental stages reveals substantial differences between the two species

Accession number (GeneDB)

Ratio Ama/Pro

 

DNA Microarrays a

qRT-PCR b

L. infantum

  

LinJ30_V 3.2870

0,2

0,5 ± 0,0

LinJ34_V 3.0070

0,3

0,5 ± 0,0

LinJ36_V 3.5620

0,4

0,3 ± 0,0

LinJ21_V 3.1490

0,4

0,5 ± 0,1

LinJ14_V 3.1240

0,4

0,5 ± 0,1

LinJ23_V 3.0860

0,5

0,3 ± 0,0

LinJ25_V 3.0500

0,5

0,2 ± 0,2

LinJ16_V 3.0950

0,5

0,5 ± 0,0

LinJ18_V 3.1090

0,5

0,6 ± 0,0

LinJ24_V 3.0870

0,6

0,5 ± 0,0

LinJ30_V 3.1520

1,7

2,2 ± 0,3

LinJ33_V 3.2470

1,8

1,3 ± 0,1

LinJ34_V 3.1730

2,0

2,3 ± 0,3

LinJ30_V 3.2050

2,0

1,8 ± 0,1

LinJ34_V 3.1160

2,3

1,9 ± 0,6

LinJ31_V 3.0370

2,4

2,2 ± 0,3

LinJ14_V 3.1450

2,4

3,7 ± 0,3

LinJ34_V 3.1020 c

2,8

10,1 ± 0,5

LinJ30_V 3.0560

4,1

3,3 ± 0,3

LinJ27_V 3.0100

4,6

3,7 ± 0,4

LinJ19_V 3.0420

5,0

3,0 ± 0,3

LinJ36_V 3.6530

5,0

1,9 ± 0,2

LinJ23_V 3.1790

7,0

2,4 ± 0,5

LinJ36_V 3.0130

7,3

4,2 ± 0,3

LinJ31_V 3.2790

7,6

2,0 ± 0,1

LinJ26_V 3.0040

8,1

2,4 ± 0,2

LinJ36_V 3.4180

8,7

6,1 ± 0,6

LinJ34_V 3.4270

20,2

2,4 ± 0,2

LinJ14_V 3.1500

22,0

1,2 ± 0,1

LinJ14_V 3.0560

24,6

2,0 ± 0,0

LinJ36_V 3.2480

0,7

0,6 ± 0,3

LinJ14_V 3.0760

0,9

1,5 ± 0,1

LinJ25_V 3.1160

0,9

1,0 ± 0,1

LinJ07_V 3.0550

1,0

1,6 ± 0,2

LinJ28_V 3.0470

1,0

1,2 ± 0,1

LinJ34_V 3.1910

1,0

1,0 ± 0,5

LinJ19_V 3.0010

1,2

1,6 ± 0,1

LinJ34_V 3.2420

1,2

1,3 ± 0,1

LinJ30_V 3.2200

1,3

1,3 ± 0,1

LinJ36_V 3.4000

1,4

1,8 ± 0,3

LinJ17_V 3.0440

1,5

3,0 ± 0,2

LinJ08_V 3.1220

1,6

1,7 ± 0,1

L. major

  

Lm jF33.2340

0,5

0,3 ± 0,0

Lm jF36.1360

0,5

0,8 ± 0,0

Lm jF29.2510

0,4

0,02 ± 0,00

Lm jF36.2360

0,4

0,4 ± 0,0

Lm jF06.0310

0,3

0,4 ± 0,0

Lm jF35.0970

0,3

0,6 ± 0,0

Lm jF23.0690

0,3

0,2 ± 0,0

Lm jF23.1300

0,3

0,1 ± 0,0

Lm jF02.0160

0,3

0,1 ± 0,0

Lm jF23.0710

0,2

0,1 ± 0,0

Lm jF35.2160

0,2

0,1 ± 0,0

Lm jF36.2590

0,2

0,1 ± 0,0

Lm jF21.0240

0,2

0,2 ± 0,0

Lm jF31.0350

0,2

0,1 ± 0,0

Lm jF04.0310

0,2

0,3 ± 0,0

Lm jF07.1160

0,1

0,1 ± 0,0

Lm jF31.2460

2,6

2,3 ± 0,2

Lm jF28.2910

2,8

1,9 ± 0,2

Lm jF36.5960

3,1

2,0 ± 2,1

Lm jF23.0730

3,6

1,1 ± 0,1

Lm jF36.2350

3,6

4,5 ± 0,4

Lm jF25.1120

3,7

2,3 ± 0,3

Lm jF08.0820

4,3

6,6 ± 0,9

Lm jF14.1360

4,7

4,4 ± 0,4

Lm jF30.2190

5,8

3,0 ± 0,1

Lm jF11.1220

6,7

5,2 ± 0,3

Lm jF34.1840

7,3

3,1 ± 0,2

Lm jF35.4230

10,3

1,9 ± 0,1

Lm jF31.3190

10,9

3,7 ± 0,4

Lm jF36.3810

1,0

1,1 ± 0,1

Lm jF28.0330

1,1

1,3 ± 0,2

Lm jF30.2050

1,2

1,5 ± 0,2

Lm jF03.0570

1,0

1,2 ± 0,2

Lm jF34.4510

1,0

2,0 ± 0,2

Lm jF34.0070

1,6

1,0 ± 0,1

  1. a The microarray results have all a p-value lower than 0.05.
  2. b The same RNA preparations were used for the microarray and qRT-PCR experiments. Levels of mRNA determined by qRT-PCR were normalized as described in Methods. The values reported here are the average of two biological replicates and three technical replicates. The set of primers for qRT-PCR amplification are presented in Additional file 6.
  3. c LinJ34_V3.1020 encodes an amastin homologue that shares homology to other members of the amastin gene family. For the microarray experiment, the 70-mer probe used recognizes more than one amastin members whereas the set of primers used for qRT-PCR was specific to the LinJ34_V3.1020 gene only.
  4. d LinJ14_V3.1500 is a member of the glycosylation phosphoglycan beta 1,3 galactosyltransferase gene family. For the microarray experiment the 70-mer probe used recognizes more than one gene family members whereas the set of primers used for qRT-PCR was specific to the LinJ14_V3.1500 gene only, whose expression was not modulated.