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Table 5 Comparison of microarray mRNA expression levels to relative expression levels determined by quantitative real time PCR (qRT-PCR).

From: Genome-wide gene expression profiling analysis of Leishmania major and Leishmania infantum developmental stages reveals substantial differences between the two species

Accession number (GeneDB) Ratio Ama/Pro
  DNA Microarrays a qRT-PCR b
L. infantum   
LinJ30_V 3.2870 0,2 0,5 ± 0,0
LinJ34_V 3.0070 0,3 0,5 ± 0,0
LinJ36_V 3.5620 0,4 0,3 ± 0,0
LinJ21_V 3.1490 0,4 0,5 ± 0,1
LinJ14_V 3.1240 0,4 0,5 ± 0,1
LinJ23_V 3.0860 0,5 0,3 ± 0,0
LinJ25_V 3.0500 0,5 0,2 ± 0,2
LinJ16_V 3.0950 0,5 0,5 ± 0,0
LinJ18_V 3.1090 0,5 0,6 ± 0,0
LinJ24_V 3.0870 0,6 0,5 ± 0,0
LinJ30_V 3.1520 1,7 2,2 ± 0,3
LinJ33_V 3.2470 1,8 1,3 ± 0,1
LinJ34_V 3.1730 2,0 2,3 ± 0,3
LinJ30_V 3.2050 2,0 1,8 ± 0,1
LinJ34_V 3.1160 2,3 1,9 ± 0,6
LinJ31_V 3.0370 2,4 2,2 ± 0,3
LinJ14_V 3.1450 2,4 3,7 ± 0,3
LinJ34_V 3.1020 c 2,8 10,1 ± 0,5
LinJ30_V 3.0560 4,1 3,3 ± 0,3
LinJ27_V 3.0100 4,6 3,7 ± 0,4
LinJ19_V 3.0420 5,0 3,0 ± 0,3
LinJ36_V 3.6530 5,0 1,9 ± 0,2
LinJ23_V 3.1790 7,0 2,4 ± 0,5
LinJ36_V 3.0130 7,3 4,2 ± 0,3
LinJ31_V 3.2790 7,6 2,0 ± 0,1
LinJ26_V 3.0040 8,1 2,4 ± 0,2
LinJ36_V 3.4180 8,7 6,1 ± 0,6
LinJ34_V 3.4270 20,2 2,4 ± 0,2
LinJ14_V 3.1500 22,0 1,2 ± 0,1
LinJ14_V 3.0560 24,6 2,0 ± 0,0
LinJ36_V 3.2480 0,7 0,6 ± 0,3
LinJ14_V 3.0760 0,9 1,5 ± 0,1
LinJ25_V 3.1160 0,9 1,0 ± 0,1
LinJ07_V 3.0550 1,0 1,6 ± 0,2
LinJ28_V 3.0470 1,0 1,2 ± 0,1
LinJ34_V 3.1910 1,0 1,0 ± 0,5
LinJ19_V 3.0010 1,2 1,6 ± 0,1
LinJ34_V 3.2420 1,2 1,3 ± 0,1
LinJ30_V 3.2200 1,3 1,3 ± 0,1
LinJ36_V 3.4000 1,4 1,8 ± 0,3
LinJ17_V 3.0440 1,5 3,0 ± 0,2
LinJ08_V 3.1220 1,6 1,7 ± 0,1
L. major   
Lm jF33.2340 0,5 0,3 ± 0,0
Lm jF36.1360 0,5 0,8 ± 0,0
Lm jF29.2510 0,4 0,02 ± 0,00
Lm jF36.2360 0,4 0,4 ± 0,0
Lm jF06.0310 0,3 0,4 ± 0,0
Lm jF35.0970 0,3 0,6 ± 0,0
Lm jF23.0690 0,3 0,2 ± 0,0
Lm jF23.1300 0,3 0,1 ± 0,0
Lm jF02.0160 0,3 0,1 ± 0,0
Lm jF23.0710 0,2 0,1 ± 0,0
Lm jF35.2160 0,2 0,1 ± 0,0
Lm jF36.2590 0,2 0,1 ± 0,0
Lm jF21.0240 0,2 0,2 ± 0,0
Lm jF31.0350 0,2 0,1 ± 0,0
Lm jF04.0310 0,2 0,3 ± 0,0
Lm jF07.1160 0,1 0,1 ± 0,0
Lm jF31.2460 2,6 2,3 ± 0,2
Lm jF28.2910 2,8 1,9 ± 0,2
Lm jF36.5960 3,1 2,0 ± 2,1
Lm jF23.0730 3,6 1,1 ± 0,1
Lm jF36.2350 3,6 4,5 ± 0,4
Lm jF25.1120 3,7 2,3 ± 0,3
Lm jF08.0820 4,3 6,6 ± 0,9
Lm jF14.1360 4,7 4,4 ± 0,4
Lm jF30.2190 5,8 3,0 ± 0,1
Lm jF11.1220 6,7 5,2 ± 0,3
Lm jF34.1840 7,3 3,1 ± 0,2
Lm jF35.4230 10,3 1,9 ± 0,1
Lm jF31.3190 10,9 3,7 ± 0,4
Lm jF36.3810 1,0 1,1 ± 0,1
Lm jF28.0330 1,1 1,3 ± 0,2
Lm jF30.2050 1,2 1,5 ± 0,2
Lm jF03.0570 1,0 1,2 ± 0,2
Lm jF34.4510 1,0 2,0 ± 0,2
Lm jF34.0070 1,6 1,0 ± 0,1
  1. a The microarray results have all a p-value lower than 0.05.
  2. b The same RNA preparations were used for the microarray and qRT-PCR experiments. Levels of mRNA determined by qRT-PCR were normalized as described in Methods. The values reported here are the average of two biological replicates and three technical replicates. The set of primers for qRT-PCR amplification are presented in Additional file 6.
  3. c LinJ34_V3.1020 encodes an amastin homologue that shares homology to other members of the amastin gene family. For the microarray experiment, the 70-mer probe used recognizes more than one amastin members whereas the set of primers used for qRT-PCR was specific to the LinJ34_V3.1020 gene only.
  4. d LinJ14_V3.1500 is a member of the glycosylation phosphoglycan beta 1,3 galactosyltransferase gene family. For the microarray experiment the 70-mer probe used recognizes more than one gene family members whereas the set of primers used for qRT-PCR was specific to the LinJ14_V3.1500 gene only, whose expression was not modulated.