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Table 4 10-fold cross validation evaluation result of feature selection methods applied to the classification methods. X:Y pattern indicates X as the error rate in cancer samples and Y as the error rate in normal samples

From: A comparative study of different machine learning methods on microarray gene expression data

1. Lymphoma (De vos et.al, 2002) # Genes SVM RBF MLP Bayesian J48 ID3 R. Forest Bagging
SVM-RFE 50 0:0 0:1 2:3 1:1 1:2 1:1 4:5 3:6
CFS 50 1:0 2:1 3:3 2:1 4:4 2:2 3:6 3:6
ChiSquared 50 1:0 2:2 4:3 1:1 3:4 2:3 2:3 4:1
All features 7129 1:0 2:2 4:4 2:1 4:5 2:4 7:6 9:3
2. Breast (Perou et. al, 2000) # Genes SVM RBF MLP Bayesian J48 ID3 R. Forest Bagging
SVM-RFE 50 0:0 1:0 1:1 3:1 4:1 1:1 2:1 1:0
CFS 50 1:0 1:0 2:1 3:2 3:1 1:1 1:1 1:0
ChiSquared 50 1:1 1:1 1:1 2:2 3:1 1:0 1:1 1:0
All features 1753 1:1 1:1 2:1 4:2 4:2 2:1 4:1 2:1
3. Colon (Alon et. al, 1999) # Genes SVM RBF MLP Bayesian J48 ID3 R. Forest Bagging
SVM-RFE 50 0:0 0:1 1:0 1:0 2:0 3:1 1:1 1:1
CFS 50 1:1 2:1 1:1 2:0 1:1 2:2 1:1 1:0
ChiSquared 50 1:0 2:2 2:0 1:0 1:0 1:1 2:1 1:0
All features 7464 2:0 2:2 2:2 3:0 2:2 6:3 3:2 2:1
4. Lung (Garber et. al, 2001) # Genes SVM RBF MLP Bayesian J48 ID3 R. Forest Bagging
SVM-RFE 50 0:0 0:1 1:0 1:1 1:1 1:0 1:0 1:0
CFS 50 1:1 1:1 1:0 1:0 1:1 1:1 1:1 1:1
ChiSquared 50 1:0 1:0 1:0 1:1 2:1 2:0 1:1 1:1
All features 917 2:0 2:0 1:1 2:1 2:2 2:1 1:1 1:1
5. Adenocarc. (Beer et.al, 2002) # Genes SVM RBF MLP Bayesian J48 ID3 R. Forest Bagging
SVM-RFE 50 0:0 2:1 2:3 4:5 4:5 3:6 4:5 3:6
CFS 50 1:0 1:1 3:3 3:6 3:6 3:6 3:6 3:6
ChiSquared 50 1:0 2:2 4:3 5:5 3:5 5:5 2:3 5:5
All features 5377 2:1 3:2 15:6 15:6 15:7 14:4 17:13 12:6
6. Lymphoma (Alizadeh et al, 2000) # Genes SVM RBF MLP Bayesian J48 ID3 R. Forest Bagging
SVM-RFE 50 0:0 0:1 2:3 4:5 4:5 3:6 4:5 3:6
CFS 50 1:1 2:3 3:3 3:6 3:6 3:6 3:6 3:6
ChiSquared 50 1:1 2:2 4:3 5:5 3:5 5:5 2:3 5:5
All features 4027 2:1 9:2 15:7 12:2 14:10 16:7 21:15 12:3
7. Melanoma (Bittner et. al, 2000) # Genes SVM RBF MLP Bayesian J48 ID3 R. Forest Bagging
SVM-RFE 50 0:0 0:1 2:1 2:1 3:1 3:1 4:5 3:1
CFS 50 1:0 2:3 2:2 2:2 2:1 2:1 3:6 3:2
ChiSquared 50 1:0 2:2 3:2 2:3 2:2 2:2 2:3 3:2
All features 8067 2:0 4:3 4:2 6:3 4:3 4:3 15:3 5:2
8. Ovarian (Welsh et. al, 2001) # Genes SVM RBF MLP Bayesian J48 ID3 R. Forest Bagging
SVM-RFE 50 0:0 0:1 1:1 1:1 1:1 1:1 2:1 3:1
CFS 50 1:0 3:2 1:2 1:1 1:1 1:1 2:2 2:1
ChiSquared 50 1:0 2:2 2:1 1:1 1:1 1:1 2:3 1:1
All features 7129 2:0 4:2 2:2 3:2 3:2 2:2 7:3 3:1