Table 4 10-fold cross validation evaluation result of feature selection methods applied to the classification methods. X:Y pattern indicates X as the error rate in cancer samples and Y as the error rate in normal samples
From: A comparative study of different machine learning methods on microarray gene expression data
1. Lymphoma (De vos et.al, 2002) | # Genes | SVM | RBF | MLP | Bayesian | J48 | ID3 | R. Forest | Bagging |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SVM-RFE | 50 | 0:0 | 0:1 | 2:3 | 1:1 | 1:2 | 1:1 | 4:5 | 3:6 |
CFS | 50 | 1:0 | 2:1 | 3:3 | 2:1 | 4:4 | 2:2 | 3:6 | 3:6 |
ChiSquared | 50 | 1:0 | 2:2 | 4:3 | 1:1 | 3:4 | 2:3 | 2:3 | 4:1 |
All features | 7129 | 1:0 | 2:2 | 4:4 | 2:1 | 4:5 | 2:4 | 7:6 | 9:3 |
2. Breast (Perou et. al, 2000) | # Genes | SVM | RBF | MLP | Bayesian | J48 | ID3 | R. Forest | Bagging |
SVM-RFE | 50 | 0:0 | 1:0 | 1:1 | 3:1 | 4:1 | 1:1 | 2:1 | 1:0 |
CFS | 50 | 1:0 | 1:0 | 2:1 | 3:2 | 3:1 | 1:1 | 1:1 | 1:0 |
ChiSquared | 50 | 1:1 | 1:1 | 1:1 | 2:2 | 3:1 | 1:0 | 1:1 | 1:0 |
All features | 1753 | 1:1 | 1:1 | 2:1 | 4:2 | 4:2 | 2:1 | 4:1 | 2:1 |
3. Colon (Alon et. al, 1999) | # Genes | SVM | RBF | MLP | Bayesian | J48 | ID3 | R. Forest | Bagging |
SVM-RFE | 50 | 0:0 | 0:1 | 1:0 | 1:0 | 2:0 | 3:1 | 1:1 | 1:1 |
CFS | 50 | 1:1 | 2:1 | 1:1 | 2:0 | 1:1 | 2:2 | 1:1 | 1:0 |
ChiSquared | 50 | 1:0 | 2:2 | 2:0 | 1:0 | 1:0 | 1:1 | 2:1 | 1:0 |
All features | 7464 | 2:0 | 2:2 | 2:2 | 3:0 | 2:2 | 6:3 | 3:2 | 2:1 |
4. Lung (Garber et. al, 2001) | # Genes | SVM | RBF | MLP | Bayesian | J48 | ID3 | R. Forest | Bagging |
SVM-RFE | 50 | 0:0 | 0:1 | 1:0 | 1:1 | 1:1 | 1:0 | 1:0 | 1:0 |
CFS | 50 | 1:1 | 1:1 | 1:0 | 1:0 | 1:1 | 1:1 | 1:1 | 1:1 |
ChiSquared | 50 | 1:0 | 1:0 | 1:0 | 1:1 | 2:1 | 2:0 | 1:1 | 1:1 |
All features | 917 | 2:0 | 2:0 | 1:1 | 2:1 | 2:2 | 2:1 | 1:1 | 1:1 |
5. Adenocarc. (Beer et.al, 2002) | # Genes | SVM | RBF | MLP | Bayesian | J48 | ID3 | R. Forest | Bagging |
SVM-RFE | 50 | 0:0 | 2:1 | 2:3 | 4:5 | 4:5 | 3:6 | 4:5 | 3:6 |
CFS | 50 | 1:0 | 1:1 | 3:3 | 3:6 | 3:6 | 3:6 | 3:6 | 3:6 |
ChiSquared | 50 | 1:0 | 2:2 | 4:3 | 5:5 | 3:5 | 5:5 | 2:3 | 5:5 |
All features | 5377 | 2:1 | 3:2 | 15:6 | 15:6 | 15:7 | 14:4 | 17:13 | 12:6 |
6. Lymphoma (Alizadeh et al, 2000) | # Genes | SVM | RBF | MLP | Bayesian | J48 | ID3 | R. Forest | Bagging |
SVM-RFE | 50 | 0:0 | 0:1 | 2:3 | 4:5 | 4:5 | 3:6 | 4:5 | 3:6 |
CFS | 50 | 1:1 | 2:3 | 3:3 | 3:6 | 3:6 | 3:6 | 3:6 | 3:6 |
ChiSquared | 50 | 1:1 | 2:2 | 4:3 | 5:5 | 3:5 | 5:5 | 2:3 | 5:5 |
All features | 4027 | 2:1 | 9:2 | 15:7 | 12:2 | 14:10 | 16:7 | 21:15 | 12:3 |
7. Melanoma (Bittner et. al, 2000) | # Genes | SVM | RBF | MLP | Bayesian | J48 | ID3 | R. Forest | Bagging |
SVM-RFE | 50 | 0:0 | 0:1 | 2:1 | 2:1 | 3:1 | 3:1 | 4:5 | 3:1 |
CFS | 50 | 1:0 | 2:3 | 2:2 | 2:2 | 2:1 | 2:1 | 3:6 | 3:2 |
ChiSquared | 50 | 1:0 | 2:2 | 3:2 | 2:3 | 2:2 | 2:2 | 2:3 | 3:2 |
All features | 8067 | 2:0 | 4:3 | 4:2 | 6:3 | 4:3 | 4:3 | 15:3 | 5:2 |
8. Ovarian (Welsh et. al, 2001) | # Genes | SVM | RBF | MLP | Bayesian | J48 | ID3 | R. Forest | Bagging |
SVM-RFE | 50 | 0:0 | 0:1 | 1:1 | 1:1 | 1:1 | 1:1 | 2:1 | 3:1 |
CFS | 50 | 1:0 | 3:2 | 1:2 | 1:1 | 1:1 | 1:1 | 2:2 | 2:1 |
ChiSquared | 50 | 1:0 | 2:2 | 2:1 | 1:1 | 1:1 | 1:1 | 2:3 | 1:1 |
All features | 7129 | 2:0 | 4:2 | 2:2 | 3:2 | 3:2 | 2:2 | 7:3 | 3:1 |