Investigation of transmembrane proteins using a computational approach

BMC Genomics

Table 1 Overlap Ratios for discriminating transmembrane segments from non-transmembrane segments in membrane proteins as a function of window length (W.L.).

W.L.	H _KD	H _Ei	H _En	H _LD	P _G	P _Z	Bulk.	Flex.	Elec.
31	0.249	0.221	0.260	0.198	0.249	0.211	0.423	0.294	0.504
29	0.232	0.197	0.241	0.183	0.223	0.223	0.397	0.278	0.499
27	0.231	0.203	0.213	0.194	0.232	0.232	0.412	0.266	0.462
25	0.238	0.198	0.227	0.178	0.215	0.269	0.393	0.269	0.411
23	0.217	0.204	0.219	0.177	0.208	0.233	0.385	0.258	0.434
21	0.209	0.204	0.215	0.166	0.216	0.197	0.370	0.252	0.379
19	0.214	0.222	0.220	0.199	0.224	0.235	0.415	0.259	0.389
17	0.201	0.252	0.218	0.199	0.219	0.206	0.393	0.259	0.442
15	0.191	0.195	0.201	0.214	0.224	0.193	0.356	0.283	0.456
13	0.216	0.203	0.217	0.178	0.203	0.189	0.325	0.283	0.500
11	0.210	0.199	0.228	0.185	0.204	0.168	0.346	0.277	0.493
9	0.231	0.205	0.222	0.200	0.232	0.280	0.396	0.299	0.562

Here H_KD, H_Ei, H_En, H_LD indicate the Kyte-Doolittle, Eisenberg-Schwarz-Komaromy-Wall, Engelman-Steitz-Goldman, and Liu-Deber hydropathy scales, respectively, P_G, P_z indicate the Grantham and Zimmerman-Eliezer-Simha polarity scales, respectively, Bulk. = bulkiness, Flex. = flexibility, and Elec. = electronic effects.
Reproduced with permission from [38]

ISSN: 1471-2164