Skip to main content

Table 1 Overlap Ratios for discriminating transmembrane segments from non-transmembrane segments in membrane proteins as a function of window length (W.L.).

From: Investigation of transmembrane proteins using a computational approach

W.L. H KD H Ei H En H LD P G P Z Bulk. Flex. Elec.
31 0.249 0.221 0.260 0.198 0.249 0.211 0.423 0.294 0.504
29 0.232 0.197 0.241 0.183 0.223 0.223 0.397 0.278 0.499
27 0.231 0.203 0.213 0.194 0.232 0.232 0.412 0.266 0.462
25 0.238 0.198 0.227 0.178 0.215 0.269 0.393 0.269 0.411
23 0.217 0.204 0.219 0.177 0.208 0.233 0.385 0.258 0.434
21 0.209 0.204 0.215 0.166 0.216 0.197 0.370 0.252 0.379
19 0.214 0.222 0.220 0.199 0.224 0.235 0.415 0.259 0.389
17 0.201 0.252 0.218 0.199 0.219 0.206 0.393 0.259 0.442
15 0.191 0.195 0.201 0.214 0.224 0.193 0.356 0.283 0.456
13 0.216 0.203 0.217 0.178 0.203 0.189 0.325 0.283 0.500
11 0.210 0.199 0.228 0.185 0.204 0.168 0.346 0.277 0.493
9 0.231 0.205 0.222 0.200 0.232 0.280 0.396 0.299 0.562
  1. Here H KD , H Ei , H En , H LD indicate the Kyte-Doolittle, Eisenberg-Schwarz-Komaromy-Wall, Engelman-Steitz-Goldman, and Liu-Deber hydropathy scales, respectively, P G , P z indicate the Grantham and Zimmerman-Eliezer-Simha polarity scales, respectively, Bulk. = bulkiness, Flex. = flexibility, and Elec. = electronic effects.
  2. Reproduced with permission from [38]