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Table 2 The top 30 abundant TE-associated piRNA clusters in An. gambiae

From: Endogenous siRNAs and piRNAs derived from transposable elements and genes in the malaria vector mosquito Anopheles gambiae

chr Start End Length Unique read number Total read number S unique read number AS unique read number S total read number AS total read number
chrX 22 952 163 23 481 504 529 341 12 617 524 714 5 662 6 955 306 526 218 188
chrX 23 518 519 23 797 847 279 328 6 050 287 157 3 153 2 897 185 847 101 310
chrX 24 283 538 24 392 789 109 251 5 931 234 948 1 943 3 988 67 057 167 891
chrX 3 290 550 3 362 878 72 328 4 494 215 967 633 3 861 19 123 196 844
chrX 21 838 300 22 218 800 380 500 5 680 179 338 1 955 3 725 64 596 114 742
chrX 11 596 752 11 650 633 53 881 4 346 172 217 244 4 102 6 293 165 924
chrX 20 625 699 20 944 044 318 345 4 898 158 982 1 456 3 442 39 427 119 555
chrX 22 577 869 22 914 102 336 233 4 284 146 406 1 298 2 986 40 480 105 926
chrX 20 176 462 20 391 304 214 842 4 165 128 553 1 350 2 815 42 931 85 622
chrX 20 970 879 21 149 974 179 095 3 407 116 074 1 015 2 392 34 978 81 096
chrX 22 313 238 22 549 636 236 398 2 653 69 651 875 1 778 23 572 46 079
chrX 20 428 815 20 603 496 174 681 2 446 59 885 774 1 672 18 433 41 452
chr2L 89 481 414 481 325 7 676 208 890 2 085 5 591 58 609 150 281
chr2L 502 755 1 019 850 517 095 6 552 196 698 1 851 4 701 48 018 148 680
chr2L 5 079 181 5 342 762 263 581 3 826 140 432 932 2 894 22 110 118 322
chr2L 1 641 056 1 919 208 278 152 3 433 90 588 952 2 481 21 187 69 401
chr2L 5 363 783 5 645 438 281 655 2 881 86 167 641 2 240 13 621 72 546
chr2R 57 973 180 58 126 345 153 165 16 504 712 727 1 404 15 100 39 319 673 408
chr2R 45 825 828 46 052 229 226 401 3 625 116 909 1 554 2 071 48 943 67 966
chr2R 60 529 536 60 775 476 245 940 3 333 98 675 944 2 389 21 048 77 627
chr2R 60 857 789 61 165 860 308 071 2 595 74 290 604 1 991 14 479 59 811
chr2R 54 533 041 54 631 947 98 906 941 66 728 228 713 8 913 57 815
chr2R 59 364 672 59 452 054 87 382 2 003 64 267 920 1 083 34 913 29 354
chr3L 20 851 509 20 867 249 15 740 3 210 186 221 22 3 188 429 185 792
chr3L 904 183 1 256 919 352 736 3 945 115 876 1 341 2 604 29 346 86 530
chr3L 4 482 742 4 823 855 341 113 3 506 95 767 1 122 2 384 28 570 67 197
chr3L 1 353 818 1 548 403 194 585 2 203 75 971 1 007 1 196 33 069 42 902
chr3L 4 891 896 5 007 445 115 549 1 781 61 830 507 1 274 14 210 47 620
chr3L 4 238 059 4 454 649 216 590 1 856 61 591 699 1 157 23 730 37 861
chr3R 23 627 315 23 733 275 105 960 2 054 75 377 363 1 691 8 532 66 845
chr3R 43 053 124 43 185 525 132 401 2 040 60 619 722 1 318 19 578 41 041
  1. S - sense orientation with respect to the genomic coordinates, AS - antisense orientation with respect to the genomic coordinates.
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BMC Genomics

ISSN: 1471-2164

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