The rumen microbial metagenome associated with high methane production in cattle

Wallace, R. John; Rooke, John A.; McKain, Nest; Duthie, Carol-Anne; Hyslop, Jimmy J.; Ross, David W.; Waterhouse, Anthony; Watson, Mick; Roehe, Rainer

doi:10.1186/s12864-015-2032-0

BMC Genomics

Table 2 Estimation of abundance of 16S rRNA genes in ruminal metagenomic sequences from four pairs of steers with extreme methane emissions (% of mapped reads)

From: The rumen microbial metagenome associated with high methane production in cattle

	AA/Conc		L/Conc		AA/Med		L/Med		Mean
	Low	High	Low	High	Low	High	Low	High	Low	High	P value	Ratio (H/L)
Domain
Bacteria	98.84	97.72	99.24	95.08	98.82	96.60	97.07	95.60	98.49	96.25	0.0455	0.98
Archaea	1.16	2.28	0.76	4.92	1.18	3.40	2.93	4.40	1.51	3.75	0.0455	2.49
Bacteria
Phylum/Class
Firmicutes	45.25	43.11	48.81	40.47	43.93	46.31	39.50	52.74	44.37	45.66	0.9866	1.03
Bacteroidetes	36.21	40.06	25.70	45.33	34.53	36.47	49.98	31.64	36.61	38.38	0.3975	1.05
Proteobacteria	11.93	3.71	17.15	4.44	13.17	1.92	2.56	0.83	11.20	2.73	0.0015	0.24
Actinobacteria	1.88	1.38	1.90	1.10	1.01	1.02	0.57	1.17	1.34	1.17	0.1309	0.87
Cyanobacteria	1.69	1.41	2.11	0.78	0.07	0.42	0.10	0.17	0.99	0.69	0.2421	0.70
Tenericutes	0.73	2.27	1.79	1.27	1.65	2.48	0.86	1.87	1.25	1.97	0.2425	1.57
Spirochaetes	0.46	3.65	1.27	0.54	1.39	0.89	0.55	1.15	0.92	1.56	0.5873	1.70
Lentisphaerae	0.38	0.38	0.17	0.05	0.01	0.84	0.27	0.81	0.21	0.52	0.2491	2.50
TM7	0.12	0.31	0.06	0.05	0.50	0.38	0.60	0.49	0.32	0.31	0.5073	0.96
Synergistetes	0.10	0.15	0.07	0.18	0.02	0.08	0.07	0.12	0.07	0.13	0.0215	1.95
Verrucomicrobia	0.03	0.80	0.03	0.27	0.59	2.69	1.16	2.48	0.45	1.56	0.0695	3.44
Fibrobacteres	0.02	0.09	0.13	0.04	1.65	1.92	0.05	0.85	0.46	0.73	0.2181	1.57
Genus
Prevotella	54.11	38.09	45.60	57.30	50.04	39.96	56.00	30.41	51.44	41.44	0.3067	0.81
Butyrivibrio	10.74	6.20	5.93	7.12	1.68	7.79	6.56	17.44	6.23	9.64	0.3757	1.55
Succiniclasticum	5.59	6.26	14.34	11.05	6.83	4.21	6.34	4.84	8.28	6.59	0.1097	0.80
Bulleidia	5.51	1.14	3.66	3.05	0.56	0.29	0.21	0.56	2.49	1.26	0.1487	0.51
Sharpea	3.69	0.13	0.50	0.53	1.93	0.31	0.05	0.33	1.54	0.33	0.1228	0.21
Ruminococcus	2.94	10.29	3.25	1.42	3.92	18.43	11.30	13.30	5.35	10.86	0.1288	2.03
YRC22	1.92	7.53	6.80	0.60	0.35	1.85	1.98	1.58	2.76	2.89	0.9796	1.05
Acidaminococcus	1.65	0.21	2.47	0.47	0.05	0.01	0.01	0.00	1.04	0.17	0.0711	0.17
Coprococcus	1.32	2.56	2.36	1.21	2.30	1.23	1.06	1.14	1.76	1.53	0.5241	0.87
Roseburia	1.10	0.03	0.46	0.00	0.29	0.02	0.01	0.02	0.47	0.02	0.0484	0.04
Treponema	0.87	7.80	3.07	0.85	2.97	1.45	0.81	2.47	1.93	3.14	0.6840	1.63
Megasphaera	0.82	0.05	0.46	0.06	0.70	0.05	0.01	0.00	0.50	0.04	0.0056	0.08
Shuttleworthia	0.78	0.49	2.81	0.47	0.15	0.04	0.14	0.10	0.97	0.27	0.1718	0.28
Pseudoramibacter_Eubacterium	0.61	0.03	0.59	0.22	0.29	0.04	0.00	0.04	0.37	0.08	0.0118	0.22
Mogibacterium	0.51	1.32	0.33	1.15	0.56	1.84	2.12	3.34	0.88	1.92	0.0407	2.17
CF231	0.43	1.11	0.04	0.19	0.88	1.74	1.28	1.00	0.66	1.01	0.0492	1.53
Bifidobacterium	0.39	0.04	0.01	0.03	0.82	0.01	0.08	0.13	0.32	0.05	0.1569	0.17
Mitsuokella	0.38	0.20	0.12	0.04	0.04	0.00	0.01	0.00	0.14	0.06	0.0375	0.43
Lactobacillus	0.35	0.40	0.77	0.10	0.29	0.18	0.08	0.17	0.37	0.21	0.2347	0.57
Succinivibrio	0.32	3.97	0.32	0.12	0.26	0.03	0.07	0.02	0.24	1.03	0.4932	4.32
Anaerostipes	0.31	0.04	0.03	0.00	0.29	0.16	0.02	0.17	0.16	0.09	0.1915	0.56
Blautia	0.29	0.39	0.17	0.17	0.87	0.38	0.22	0.56	0.39	0.37	0.7396	0.97
[Eubacterium]	0.26	0.02	0.03	0.15	5.37	0.00	0.04	0.00	1.43	0.04	0.2619	0.03
Oscillospira	0.24	0.50	0.25	0.26	0.25	0.36	0.23	0.41	0.24	0.38	0.0816	1.58
RFN20	0.20	0.15	0.10	0.17	1.15	0.93	0.14	0.51	0.40	0.44	0.7813	1.11
Bacteroides	0.20	0.17	0.03	0.58	0.43	0.28	0.27	0.22	0.23	0.31	0.6107	1.34
Dialister	0.17	0.03	0.75	0.00	0.40	0.00	0.00	0.00	0.33	0.01	0.0491	0.02
Clostridium	0.15	0.36	0.06	0.05	2.04	0.63	0.31	0.78	0.64	0.45	0.5288	0.70
Desulfovibrio	0.13	0.29	0.21	0.34	0.11	0.27	0.16	0.34	0.15	0.31	0.0013	2.04
Pyramidobacter	0.13	0.24	0.12	0.24	0.05	0.12	0.09	0.22	0.10	0.20	0.0045	2.10
Moryella	0.12	0.70	0.09	0.48	0.32	0.51	0.49	0.88	0.25	0.64	0.0212	2.54
Selenomonas	0.12	1.29	0.33	0.98	0.55	0.68	1.13	0.34	0.53	0.82	0.2378	1.55
Catenibacterium	0.09	0.00	0.00	0.01	0.07	0.02	0.00	0.01	0.04	0.01	0.1282	0.24
Dorea	0.09	0.02	0.14	0.02	0.04	0.01	0.01	0.04	0.07	0.02	0.0671	0.31
Archaea
Euryarchaeota	1.18	2.31	0.77	4.98	1.20	3.42	2.98	4.47	1.53	3.79	0.0266	2.48
Crenarchaeota	0.01	0.01	0.00	0.04	0.00	0.04	0.02	0.01	0.01	0.02	0.2152	3.00
Methanobacteria	1.13	2.20	0.73	4.83	1.15	3.25	2.84	4.27
Methanococci	0	0	0	0	0	0	0	0
Methanobacterium	0	0	0	0	0	0	0	0
Methanobrevibacter	2.27	4.93	1.88	8.40	2.73	7.49	5.62	11.00	3.13	7.95	0.0169	2.54
Methanosphaera	0.01	0.04	0.01	0.05	0.06	0.08	0.07	0.13	0.04	0.07	0.0141	2.44
Thermoplasmata	0.02	0.07	0.03	0.03	0.10	0.06	0.12

Back to article page

ISSN: 1471-2164

Contact us

Submission enquiries: bmcgenomics@biomedcentral.com
General enquiries: ORSupport@springernature.com