From: Establishing gene models from the Pinus pinaster genome using gene capture and BAC sequencing
Susy P. glauca | Susy P. pinaster | AS P. glauca | AS P. pinaster | |
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GeneBank: | KC860252 | KP172192 | KC860234 | KP172187 |
Total length: | 137047 bp | 59397 bp | 130154 bp | 46111 bp |
GC level: | 38.66 % | 39.03 % | 38.17 % | 34.80 % |
Number of elements/percentage of sequence | ||||
Bases masked: | 10259 bp (7.49 %) | 5173 bp (8.71 %) | 7548 bp (5.80 %) | 595 bp (1.29 %) |
Retroelements | 7 (6,78 %) | 7 (7,52 %) | 9 (4,65 %) | 0 |
LINEs: | 0 | 1 (0,70 %) | 2 (0,16 %) | 0 |
L1/CIN4 | 0 | 1 (0,70 %) | 2 (0,16 %) | 0 |
LTR elements: | 7 (6,78 %) | 6 (6,82 %) | 7 (4,49 %) | 0 |
Ty1/Copia | 1 (1,09 %) | 1 (0,24 %) | 1 (0,55 %) | 0 |
Gypsy/DIRS1 | 6 (5,60 %) | 5 (6,58 %) | 6 (3,94 %) | 0 |
DNA transposons | 0 | 0 | 2 (0,10 %) | 0 |
Simple repeats: | 18 (0,67 %) | 17 (0,94 %) | 18 (0,69 %) | 11 (0,98 %) |
Low complexity: | 1 (0,03 %) | 3 (0,25 %) | 7 (0,36 %) | 2 (0,31 %) |