Skip to main content

Advertisement

Table 4 Relative representation of differentially-expressed genes encoding potential pathogenicity-associated categories of proteins in different comparisons

From: A Colletotrichum graminicola mutant deficient in the establishment of biotrophy reveals early transcriptional events in the maize anthracnose disease interaction

Comparison (number of genes) SSP PHI-base Secreted protease Cazyme Transporter Secondary metabolite
Total Genome (12,006) 687 (6 %) 3224 (27 %) 110 (1 %) 704 (6 %) 1476 (12 %) 300 (3 %)
WT Early Genes (159) 24 (15 %) 55 (35 %) 2 (1 %) 14 (9 %) 13 (8 %) 14 (9 %)
WT Late Genes (440) 42 (10 %) 144 (33 %) 6 (1 %) 77 (18 %) 48 (11 %) 26 (6 %)
WTBT_up (5) 0 2 (40 %) 0 0 2 (40 %) 0
WTBT_dn (23) 2 (9 %) 9 (39 %) 1 (4 %) 1 (4 %) 5 (22 %) 0
WTAP_WTBT_up (293) 43 (15 %) 97 (33 %) 6 (2 %) 25 (9 %) 30 (10 %) 20 (7 %)
WTAP_WTBT_dn (467) 62 (13 %) 186 (40 %) 29 (6 %) 84 (18 %) 70 (15 %) 19 (4 %)
WTAP_WTBT Total (760) 105 (14 %) 283 (37 %) 35 (5 %) 109 (14 %) 100 (13 %) 39 (5 %)
WTBT_WTNT_up (312) 62 (20 %) 92 (30 %) 10 (3 %) 36 (12 %) 31 (10 %) 17 (5 %)
WTBT_WTNT_dn (680) 73 (11 %) 227 (33 %) 15 (2 %) 112 (17 %) 91 (13 %) 37 (5 %)
WTBT_WTNT Total (992) 135 (14 %) 319 (32 %) 25 (3 %) 148 (15 %) 122 (12 %) 54 (5 %)
WTAP_MTAP_up (74) 17 (23 %) 18 (24 %) 2 (3 %) 9 (12 %) 8 (11 %) 0
WTAP_MTAP_dn (144) 7 (5 %) 41 (29 %) 3 (2 %) 9 (6 %) 15 (10 %) 12 (8 %)
WTAP_MTAP Total (218) 24 (11 %) 59 (27 %) 5 (2 %) 18 (8 %) 23 (11 %) 12 (6 %)
WTBT_MTBT_up (192) 29 (15 %) 77 (40 %) 20 (10 %) 34 (18 %) 28 (15 %) 2 (1 %)
WTBT_MTBT_dn (522) 43 (8 %) 194 (37 %) 4 (1 %) 50 (10 %) 63 (12 %) 32 (6 %)
WTBT_MTBT Total (714) 72 (10 %) 271 (38 %) 24 (3 %) 84 (12 %) 91 (13 %) 34 (5 %)
MTAP_MTBT_dn (20) 4 (20 %) 10 (50 %) 3 (15 %) 6 (30 %) 0 2 (10 %)