Table 4 Relative representation of differentially-expressed genes encoding potential pathogenicity-associated categories of proteins in different comparisons
Comparison (number of genes) | SSP | PHI-base | Secreted protease | Cazyme | Transporter | Secondary metabolite |
|---|---|---|---|---|---|---|
Total Genome (12,006) | 687 (6 %) | 3224 (27 %) | 110 (1 %) | 704 (6 %) | 1476 (12 %) | 300 (3 %) |
WT Early Genes (159) | 24 (15 %) | 55 (35 %) | 2 (1 %) | 14 (9 %) | 13 (8 %) | 14 (9 %) |
WT Late Genes (440) | 42 (10 %) | 144 (33 %) | 6 (1 %) | 77 (18 %) | 48 (11 %) | 26 (6 %) |
WTBT_up (5) | 0 | 2 (40 %) | 0 | 0 | 2 (40 %) | 0 |
WTBT_dn (23) | 2 (9 %) | 9 (39 %) | 1 (4 %) | 1 (4 %) | 5 (22 %) | 0 |
WTAP_WTBT_up (293) | 43 (15 %) | 97 (33 %) | 6 (2 %) | 25 (9 %) | 30 (10 %) | 20 (7 %) |
WTAP_WTBT_dn (467) | 62 (13 %) | 186 (40 %) | 29 (6 %) | 84 (18 %) | 70 (15 %) | 19 (4 %) |
WTAP_WTBT Total (760) | 105 (14 %) | 283 (37 %) | 35 (5 %) | 109 (14 %) | 100 (13 %) | 39 (5 %) |
WTBT_WTNT_up (312) | 62 (20 %) | 92 (30 %) | 10 (3 %) | 36 (12 %) | 31 (10 %) | 17 (5 %) |
WTBT_WTNT_dn (680) | 73 (11 %) | 227 (33 %) | 15 (2 %) | 112 (17 %) | 91 (13 %) | 37 (5 %) |
WTBT_WTNT Total (992) | 135 (14 %) | 319 (32 %) | 25 (3 %) | 148 (15 %) | 122 (12 %) | 54 (5 %) |
WTAP_MTAP_up (74) | 17 (23 %) | 18 (24 %) | 2 (3 %) | 9 (12 %) | 8 (11 %) | 0 |
WTAP_MTAP_dn (144) | 7 (5 %) | 41 (29 %) | 3 (2 %) | 9 (6 %) | 15 (10 %) | 12 (8 %) |
WTAP_MTAP Total (218) | 24 (11 %) | 59 (27 %) | 5 (2 %) | 18 (8 %) | 23 (11 %) | 12 (6 %) |
WTBT_MTBT_up (192) | 29 (15 %) | 77 (40 %) | 20 (10 %) | 34 (18 %) | 28 (15 %) | 2 (1 %) |
WTBT_MTBT_dn (522) | 43 (8 %) | 194 (37 %) | 4 (1 %) | 50 (10 %) | 63 (12 %) | 32 (6 %) |
WTBT_MTBT Total (714) | 72 (10 %) | 271 (38 %) | 24 (3 %) | 84 (12 %) | 91 (13 %) | 34 (5 %) |
MTAP_MTBT_dn (20) | 4 (20 %) | 10 (50 %) | 3 (15 %) | 6 (30 %) | 0 | 2 (10 %) |