A new algorithm for “the LCS problem” with application in compressing genome resequencing data

BMC Genomics

Table 4 Homo sapiens genome: Results (in bytes) for compressing chromosome U into C

U	\|U\|	Our Scheme		GRS	GReEn
		\|C\|	\(\|\mathbb {L}(C)\|\)	[20]	[21]
1	247 249 719	2 836 652	1 082 859	1 336 626	1 225 767
2	242 951 149	2 871 186	1 050 170	1 354 059	1 272 105
3	199 501 827	2 115 410	790 444	1 011 124	971 527
4	191 273 063	2 398 432	910 898	1 139 225	1 074 357
5	180 857 866	2 064 874	764 458	988 070	947 378
6	170 899 992	1 902 067	710 355	906 116	865 448
7	158 821 424	2 326 721	844 194	1 096 646	998 482
8	146 274 826	1 617 884	617 996	764 313	729 362
9	140 273 252	1 877 509	704 205	864 222	773 716
10	135 374 737	1 623 010	617 633	768 364	717 305
11	134 452 384	1 586 558	604 901	755 708	716 301
12	132 349 534	1 476 523	566 997	702 040	668 455
13	114 142 980	1 100 576	399 527	520 598	490 888
14	106 368 585	1 026 227	377 695	484 791	451 018
15	100 338 915	1 055 663	398 720	496 215	453 301
16	88 827 254	1 225 378	443 009	567 989	510 254
17	78 774 742	1 081 739	396 371	505 979	464 324
18	76 117 153	865 138	320 361	408 529	378 420
19	63 811 651	862 129	320 789	399 807	369 388
20	62 435 964	605 179	229 418	282 628	266 562
21	46 944 323	488 340	180 096	226 549	203 036
22	49 691 432	568 734	205 244	262 443	230 049
X	154 913 754	7 525 925	2 494 884	3 231 776	2 712 153
Y	57 772 954	1 343 260	429 099	592 791	481 307
M	16 571	151	151(*)	183	127
Sum	3 080 436 051	42 445 265	15 460 474	19 666 791	17 971 030

ISSN: 1471-2164