Skip to main content

Table 4 Homo sapiens genome: Results (in bytes) for compressing chromosome U into C

From: A new algorithm for “the LCS problem” with application in compressing genome resequencing data

U |U| Our Scheme GRS GReEn
   |C| \(|\mathbb {L}(C)|\) [20] [21]
1 247 249 719 2 836 652 1 082 859 1 336 626 1 225 767
2 242 951 149 2 871 186 1 050 170 1 354 059 1 272 105
3 199 501 827 2 115 410 790 444 1 011 124 971 527
4 191 273 063 2 398 432 910 898 1 139 225 1 074 357
5 180 857 866 2 064 874 764 458 988 070 947 378
6 170 899 992 1 902 067 710 355 906 116 865 448
7 158 821 424 2 326 721 844 194 1 096 646 998 482
8 146 274 826 1 617 884 617 996 764 313 729 362
9 140 273 252 1 877 509 704 205 864 222 773 716
10 135 374 737 1 623 010 617 633 768 364 717 305
11 134 452 384 1 586 558 604 901 755 708 716 301
12 132 349 534 1 476 523 566 997 702 040 668 455
13 114 142 980 1 100 576 399 527 520 598 490 888
14 106 368 585 1 026 227 377 695 484 791 451 018
15 100 338 915 1 055 663 398 720 496 215 453 301
16 88 827 254 1 225 378 443 009 567 989 510 254
17 78 774 742 1 081 739 396 371 505 979 464 324
18 76 117 153 865 138 320 361 408 529 378 420
19 63 811 651 862 129 320 789 399 807 369 388
20 62 435 964 605 179 229 418 282 628 266 562
21 46 944 323 488 340 180 096 226 549 203 036
22 49 691 432 568 734 205 244 262 443 230 049
X 154 913 754 7 525 925 2 494 884 3 231 776 2 712 153
Y 57 772 954 1 343 260 429 099 592 791 481 307
M 16 571 151 151(*) 183 127
Sum 3 080 436 051 42 445 265 15 460 474 19 666 791 17 971 030
  1. Bold signifies the best result