Skip to main content

Table 1 Summary statistics for transcriptome assemblies from multiple strategies

From: Comparative performance of transcriptome assembly methods for non-model organisms

Assembly Strategy Dataset used # of contigs Median length (bp) Median %ID vs. dipteran Median reference coverage vs. dipteran Median %ID vs. aegypti Median reference coverage vs. aegypti
De novo assembly 180Ma 96,980 414 90.95 % 98.37 % 91.32 % 98.38 %
360 M 141,390 394 90.57 % 98.21 % 91.02 % 98.14 %
600 M 176,168 385 90.43 % 98.37 % 90.97 % 98.33 %
Reference-based re-assembly 180 M 89,260 399 91.04 % 98.46 % 91.45 % 98.46 %
360 M 130,168 382 90.70 % 98.22 % 91.15 % 98.26 %
600 M 162,168 373 90.57 % 98.39 % 91.10 % 98.45 %
Transcriptome Post-Scaffolding 180 M 11,796 1,783 92.18 % 99.40 % 92.57 % 99.40 %
360 M 12,027 1,854 91.97 % 99.40 % 92.41 % 99.39 %
600 M 12,117 1,888 91.90 % 99.41 % 92.39 % 99.41 %
Genome-guided assembly using Ae. albopictus genome 180 M 43,537 1,091 90.95 % 97.56 % 91.28 % 97.78 %
360 M 57,524 1,038 90.73 % 97.57 % 91.05 % 97.77 %
600 M 68,977 1,000 90.56 % 97.76 % 91.03 % 97.93 %
Genome-guided assembly using Ae. aegypti genome + RAb 180 M 18,999 1,426 100.00 % 100.00 % 100.00 % 100.00 %
Genome-guided assembly using Ae. aegypti genome-RA 180 M 13,230 348 100.00 % 42.47 % 100.00 % 42.89 %
  1. adataset representing approximate number of millions of read pairs used in the corresponding assembly strategy
  2. bRA refers to reference annotation
\