Table 3 Differentially expressed genes coding for putative virulence genes and genes involved in meningococcal host interactions(a)
From: Transcriptomic buffering of cryptic genetic variation contributes to meningococcal virulence
Locus | Gene | Product Name | Log2-fold expression level differences | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
in MC58 comparing | between MC58 and α522 in | |||||||||
Saliva vs. Blood(b) | Blood vs. CSF(c) | PPM+(d) | Saliva(d) | Blood(d) | CSF(d) | Blood vs. Saliva(e) | CSF vs. Blood(f) | |||
Transcription | ||||||||||
 NMB0594 | misS | PhoQ-family sensor histidine kinase | n.s.(g) | n.s. | n.s. | n.s. | −2.50 | n.s. | −2.00 | 2.51 |
 NMB0595 | misR | PhoP-family response regulator | −0.89 | 1.09 | n.s. | n.s. | 1.64 | n.s. | −2.00 | 2.51 |
Capsule synthesis | ||||||||||
 NMB0068 | siaC | Capsule biosynthesis protein SiaC | 2.07 | −1.45 | n.s. | n.s. | −1.67 | −1.72 | n.s. | n.s. |
 NMB0069 | siaB | Capsule biosynthesis protein SiaB | 2.33 | n.s. | −1.66 | −1.58 | −2.73 | −1.93 | n.s. | n.s. |
 NMB0070 | siaA | Capsule biosynthesis protein SiaA | 2.85 | n.s. | −1.63 | −2.94 | −2.85 | −1.93 | n.s. | n.s. |
 NMB0072 | ctrB | Capsule export protein CtrB | 2.28 | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | −1.36 | n.s. | n.s. |
 NMB0083 | lipB | Capsule modification protein | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | −1.66 | n.s. | n.s. | n.s. |
LOS synthesis | ||||||||||
 NMB0014 | kdtA | 3-Deoxy-D-manno-octulosonic-acid transferase | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | −2.83 | n.s. | −2.84 | 2.58 |
 NMB0017 | lpxC | UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | −1.24 | n.s. | n.s. | n.s. |
 NMB0178 | lpxA | UDP-N-acetylglucosamine acyltransferase | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | 1.54 | n.s. | n.s. | n.s. |
 NMB0180 | lpxD | UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] glucosamine N-acyltransferase | −1.40 | n.s. | n.d.(h) | n.d. | n.d. | n.d. | n.d. | n.d. |
 NMB0199 | lpxB | Lipid-A-disaccharide synthase | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | −2.92 | n.s. | n.s. | n.s. |
 NMB1704 | lgtF | Beta-1,4-glucosyltransferase | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | −2.82 | n.s. | n.s. | n.s. |
 NMB1928 | lgtB | Lacto-N-neotetraose biosynthesis glycosyl transferase LgtB | −1.27 | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | −1.56 | n.s. |
 NMB2156 | rfaC | Lipopolysaccharide heptosyltransferase I | 2.20 | n.s. | n.s. | n.s. | −1.03 | n.s. | n.s. | n.s. |
Pilus synthesis | ||||||||||
 NMB0052 | pilT-1 | Twitching motility protein PilT | n.s. | n.s. | −0.93 | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. |
 NMB0329 | pilF | Type IV pilus assembly protein | −0.80 | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. |
 NMB0333 | pilG | Pilus assembly protein PilG | n.s. | 0.98 | n.s. | n.s. | 2.86 | n.s. | 2.62 | −2.32 |
 NMB0768 | pilT-2 | Twitching motility protein PilT | 1.36 | n.s. | n.s. | n.s. | 2.08 | n.s. | 2.18 | −1.74 |
 NMB1811 | pilP | PilP protein | n.s. | −0.86 | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. |
 NMB1820 | pglB | Pilin glycosylation protein PglB | −1.69 | n.s. | n.s. | n.s. | −1.46 | n.s. | n.s. | n.s. |
 NMB1821 | pglC | Pilin glycosylation protein PglC | −1.73 | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. |
Efflux pumps | ||||||||||
 NMB0318 | farA | Fatty acid efflux system protein | −4.60 | n.s. | n.s. | n.s. | −1.41 | n.s. | −2.28 | n.s. |
 NMB1714 | mtrE | Multidrug efflux pump protein MtrE | −4.47 | 2.46 | n.s. | n.s. | −2.85 | n.s. | n.s. | n.s. |
 NMB1715 | mtrD | Multiple transferable resistance system protein MtrD | −3.35 | 2.06 | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. |
Adhesins and OMPs | ||||||||||
 NMB0181 | - | Putative outer membrane protein OmpH | −1.05 | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. |
 NMB0182 | omp85 | Outer membrane protein OMP85 | −0.98 | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. |
 NMB0382 | rmpM | Outer membrane protein class 4 | n.s. | n.s. | n.s. | −0.87 | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. |
 NMB0497 | tpsA2 | Hemagglutinin/hemolysin-related protein | 3.45 | n.s. | n.d. | n.d. | n.d. | n.d. | n.d. | n.d. |
 NMB0663 | nspA | Outer membrane protein NspA | 1.46 | −1.19 | n.s. | n.s. | 4.23 | n.s. | 3.92 | −3.63 |
 NMB1053 | opc | Class 5 outer membrane protein OpcA | n.s. | n.s. | 7.39 | 6.47 | 6.65 | 6.71 | n.s. | n.s. |
 NMB1214 | tpsA3 | Hemagglutinin/hemolysin-related protein | n.s. | −2.00 | n.s. | n.s. | 3.62 | n.s. | 3.60 | −3.74 |
 NMB1946 | - | Outer membrane lipoprotein | −0.92 | n.s. | n.s. | 0.78 | 1.53 | 0.78 | n.s. | n.s. |
 NMB1969 | nalP | Serine type autotransporter | n.s. | n.s. | 0.88 | 1.64 | 1.05 | 1.08 | n.s. | n.s. |
Iron homeostatsis | ||||||||||
 NMB0460 | tbp2 | Transferrin-binding protein B | 1.84 | n.s. | n.d. | n.d. | n.d. | n.d. | n.d. | n.d. |
 NMB0584 | - | FrpC operon protein | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | 1.20 | n.s. | n.s. | n.s. |
 NMB0585 | - | Putative iron-regulated protein FrpA | 1.09 | n.s. | n.d. | n.d. | n.d. | n.d. | n.d. | n.d. |
 NMB1206 | brfB | Bacterioferritin B | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | 2.18 | n.s. | 1.56 | n.s. |
 NMB1207 | brfA | Bacterioferritin A | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | 2.16 | n.s. | 1.58 | −1.39 |
 NMB1540 | lbpA | Lactoferrin-binding protein A | 2.02 | n.s. | n.s. | −1.56 | n.s. | n.s. | 2.16 | n.s. |
Stress response | ||||||||||
 NMB0278 | dsbA-1 | Thiol:disulfide interchange protein DsbA | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | 2.12 | n.s. | 1.94 | −1.74 |
 NMB0294 | dsbA-2 | Thiol:disulfide interchange protein DsbA | n.s. | 1.38 | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. |
 NMB0587 | znuB | ABC-type Mn2+/Zn2+ transporter, permease | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | −3.06 | n.s. | −1.94 | 2.49 |
 NMB0588 | znuC | ABC-type Mn2+/Zn2+ transporer, ATPase | n.s. | n.s. | n.s. | −1.53 | −2.26 | n.s. | n.s. | n.s. |
 NMB1398 | sodC | Superoxide dismutase | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | 1.99 | n.s. | 2.28 | −1.65 |
Others | ||||||||||
 NMB0035 | - | P47 lipoprotein | n.s. | n.s. | −1.15 | n.s. | n.s. | n.s. | 2.03 | n.s. |
 NMB0065 | - | Hypothetical protein NMB0065 | 4.24 | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. |
 NMB0179 | fabZ | (3R)-Hydroxymyristoyl-ACP dehydratase | −1.21 | n.s. | n.d. | n.d. | n.d. | n.d. | n.d. | n.d. |
 NMB0543 | lctP | L-Lactate permease | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | 1.04 | n.s. | 1.39 | n.s. |
 NMB0700 | iga | IgA-specific serine endopeptidase | n.s. | −1.57 | n.d. | n.d. | n.d. | n.d. | n.s. | n.s. |
 NMB0718 | hemH | ferrochelatase | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | −1.37 | n.s. |
 NMB0757 | purC | phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | 1.71 | n.s. |
 NMB0790 | pgm | Phosphoglucomutase | n.s. | n.s. | 1.43 | n.s. | 2.52 | 1.76 | 2.52 | n.s. |
 NMB0825 | - | Putative ADP-heptose synthase | −1.11 | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. |
 NMB0995 | - | Macrophage infectivity potentiator-related protein | 2.52 | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | 3.28 | n.s. | 3.06 |
 NMB1332 | prc | Carboxy-terminal peptidase | −0.90 | n.s. | n.d. | n.d. | n.d. | n.d. | n.d. | n.d. |
 NMB1343 | - | Hypothetical protein NMB1343 | 1.29 | n.s. | n.s. | n.s. | 1.50 | n.s. | 2.01 | −1.85 |
 NMB1436 | - | Hypothetical protein | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | 2.60 | n.s. | 2.81 | −2.18 |
 NMB1437 | - | Hypothetical protein | −0.87 | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. |
 NMB1438 | - | Hypothetical protein | −1.26 | n.s. | n.s. | n.s. | 1.58 | n.s. | 1.87 | n.s. |
 NMB1622 | norB | Nitric oxide reductase | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | 5.85 | n.s. | 5.40 | n.s. |
 NMB1623 | aniA | Copper-containing nitrite reductase | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | 5.67 | n.s. | 5.55 | −4.60 |
 NMB1829 | - | TonB-dependent receptor | −5.50 | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. |
 NMB1840 | - | Conserved membrane protein | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | 1.78 | n.s. | 3.04 | −2.20 |
 NMB1898 | - | Lipoprotein | −1.11 | 1.11 | −1.17 | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. |
 NMB1961 | - | VacJ-related protein | n.s. | n.s. | n.s. | n.s. | −2.03 | n.s. | −1.47 | 1.47 |