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Table 3 Differentially expressed genes coding for putative virulence genes and genes involved in meningococcal host interactions(a)

From: Transcriptomic buffering of cryptic genetic variation contributes to meningococcal virulence

Locus Gene Product Name Log2-fold expression level differences
in MC58 comparing between MC58 and α522 in
Saliva vs. Blood(b) Blood vs. CSF(c) PPM+(d) Saliva(d) Blood(d) CSF(d) Blood vs. Saliva(e) CSF vs. Blood(f)
Transcription
 NMB0594 misS PhoQ-family sensor histidine kinase n.s.(g) n.s. n.s. n.s. −2.50 n.s. −2.00 2.51
 NMB0595 misR PhoP-family response regulator −0.89 1.09 n.s. n.s. 1.64 n.s. −2.00 2.51
Capsule synthesis
 NMB0068 siaC Capsule biosynthesis protein SiaC 2.07 −1.45 n.s. n.s. −1.67 −1.72 n.s. n.s.
 NMB0069 siaB Capsule biosynthesis protein SiaB 2.33 n.s. −1.66 −1.58 −2.73 −1.93 n.s. n.s.
 NMB0070 siaA Capsule biosynthesis protein SiaA 2.85 n.s. −1.63 −2.94 −2.85 −1.93 n.s. n.s.
 NMB0072 ctrB Capsule export protein CtrB 2.28 n.s. n.s. n.s. n.s. −1.36 n.s. n.s.
 NMB0083 lipB Capsule modification protein n.s. n.s. n.s. n.s. −1.66 n.s. n.s. n.s.
LOS synthesis
 NMB0014 kdtA 3-Deoxy-D-manno-octulosonic-acid transferase n.s. n.s. n.s. n.s. −2.83 n.s. −2.84 2.58
 NMB0017 lpxC UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase n.s. n.s. n.s. n.s. −1.24 n.s. n.s. n.s.
 NMB0178 lpxA UDP-N-acetylglucosamine acyltransferase n.s. n.s. n.s. n.s. 1.54 n.s. n.s. n.s.
 NMB0180 lpxD UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] glucosamine N-acyltransferase −1.40 n.s. n.d.(h) n.d. n.d. n.d. n.d. n.d.
 NMB0199 lpxB Lipid-A-disaccharide synthase n.s. n.s. n.s. n.s. −2.92 n.s. n.s. n.s.
 NMB1704 lgtF Beta-1,4-glucosyltransferase n.s. n.s. n.s. n.s. −2.82 n.s. n.s. n.s.
 NMB1928 lgtB Lacto-N-neotetraose biosynthesis glycosyl transferase LgtB −1.27 n.s. n.s. n.s. n.s. n.s. −1.56 n.s.
 NMB2156 rfaC Lipopolysaccharide heptosyltransferase I 2.20 n.s. n.s. n.s. −1.03 n.s. n.s. n.s.
Pilus synthesis
 NMB0052 pilT-1 Twitching motility protein PilT n.s. n.s. −0.93 n.s. n.s. n.s. n.s. n.s.
 NMB0329 pilF Type IV pilus assembly protein −0.80 n.s. n.s. n.s. n.s. n.s. n.s. n.s.
 NMB0333 pilG Pilus assembly protein PilG n.s. 0.98 n.s. n.s. 2.86 n.s. 2.62 −2.32
 NMB0768 pilT-2 Twitching motility protein PilT 1.36 n.s. n.s. n.s. 2.08 n.s. 2.18 −1.74
 NMB1811 pilP PilP protein n.s. −0.86 n.s. n.s. n.s. n.s. n.s. n.s.
 NMB1820 pglB Pilin glycosylation protein PglB −1.69 n.s. n.s. n.s. −1.46 n.s. n.s. n.s.
 NMB1821 pglC Pilin glycosylation protein PglC −1.73 n.s. n.s. n.s. n.s. n.s. n.s. n.s.
Efflux pumps
 NMB0318 farA Fatty acid efflux system protein −4.60 n.s. n.s. n.s. −1.41 n.s. −2.28 n.s.
 NMB1714 mtrE Multidrug efflux pump protein MtrE −4.47 2.46 n.s. n.s. −2.85 n.s. n.s. n.s.
 NMB1715 mtrD Multiple transferable resistance system protein MtrD −3.35 2.06 n.s. n.s. n.s. n.s. n.s. n.s.
Adhesins and OMPs
 NMB0181 - Putative outer membrane protein OmpH −1.05 n.s. n.s. n.s. n.s. n.s. n.s. n.s.
 NMB0182 omp85 Outer membrane protein OMP85 −0.98 n.s. n.s. n.s. n.s. n.s. n.s. n.s.
 NMB0382 rmpM Outer membrane protein class 4 n.s. n.s. n.s. −0.87 n.s. n.s. n.s. n.s.
 NMB0497 tpsA2 Hemagglutinin/hemolysin-related protein 3.45 n.s. n.d. n.d. n.d. n.d. n.d. n.d.
 NMB0663 nspA Outer membrane protein NspA 1.46 −1.19 n.s. n.s. 4.23 n.s. 3.92 −3.63
 NMB1053 opc Class 5 outer membrane protein OpcA n.s. n.s. 7.39 6.47 6.65 6.71 n.s. n.s.
 NMB1214 tpsA3 Hemagglutinin/hemolysin-related protein n.s. −2.00 n.s. n.s. 3.62 n.s. 3.60 −3.74
 NMB1946 - Outer membrane lipoprotein −0.92 n.s. n.s. 0.78 1.53 0.78 n.s. n.s.
 NMB1969 nalP Serine type autotransporter n.s. n.s. 0.88 1.64 1.05 1.08 n.s. n.s.
Iron homeostatsis
 NMB0460 tbp2 Transferrin-binding protein B 1.84 n.s. n.d. n.d. n.d. n.d. n.d. n.d.
 NMB0584 - FrpC operon protein n.s. n.s. n.s. n.s. 1.20 n.s. n.s. n.s.
 NMB0585 - Putative iron-regulated protein FrpA 1.09 n.s. n.d. n.d. n.d. n.d. n.d. n.d.
 NMB1206 brfB Bacterioferritin B n.s. n.s. n.s. n.s. 2.18 n.s. 1.56 n.s.
 NMB1207 brfA Bacterioferritin A n.s. n.s. n.s. n.s. 2.16 n.s. 1.58 −1.39
 NMB1540 lbpA Lactoferrin-binding protein A 2.02 n.s. n.s. −1.56 n.s. n.s. 2.16 n.s.
Stress response
 NMB0278 dsbA-1 Thiol:disulfide interchange protein DsbA n.s. n.s. n.s. n.s. 2.12 n.s. 1.94 −1.74
 NMB0294 dsbA-2 Thiol:disulfide interchange protein DsbA n.s. 1.38 n.s. n.s. n.s. n.s. n.s. n.s.
 NMB0587 znuB ABC-type Mn2+/Zn2+ transporter, permease n.s. n.s. n.s. n.s. −3.06 n.s. −1.94 2.49
 NMB0588 znuC ABC-type Mn2+/Zn2+ transporer, ATPase n.s. n.s. n.s. −1.53 −2.26 n.s. n.s. n.s.
 NMB1398 sodC Superoxide dismutase n.s. n.s. n.s. n.s. 1.99 n.s. 2.28 −1.65
Others
 NMB0035 - P47 lipoprotein n.s. n.s. −1.15 n.s. n.s. n.s. 2.03 n.s.
 NMB0065 - Hypothetical protein NMB0065 4.24 n.s. n.s. n.s. n.s. n.s. n.s. n.s.
 NMB0179 fabZ (3R)-Hydroxymyristoyl-ACP dehydratase −1.21 n.s. n.d. n.d. n.d. n.d. n.d. n.d.
 NMB0543 lctP L-Lactate permease n.s. n.s. n.s. n.s. 1.04 n.s. 1.39 n.s.
 NMB0700 iga IgA-specific serine endopeptidase n.s. −1.57 n.d. n.d. n.d. n.d. n.s. n.s.
 NMB0718 hemH ferrochelatase n.s. n.s. n.s. n.s. n.s. n.s. −1.37 n.s.
 NMB0757 purC phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase n.s. n.s. n.s. n.s. n.s. n.s. 1.71 n.s.
 NMB0790 pgm Phosphoglucomutase n.s. n.s. 1.43 n.s. 2.52 1.76 2.52 n.s.
 NMB0825 - Putative ADP-heptose synthase −1.11 n.s. n.s. n.s. n.s. n.s. n.s. n.s.
 NMB0995 - Macrophage infectivity potentiator-related protein 2.52 n.s. n.s. n.s. n.s. 3.28 n.s. 3.06
 NMB1332 prc Carboxy-terminal peptidase −0.90 n.s. n.d. n.d. n.d. n.d. n.d. n.d.
 NMB1343 - Hypothetical protein NMB1343 1.29 n.s. n.s. n.s. 1.50 n.s. 2.01 −1.85
 NMB1436 - Hypothetical protein n.s. n.s. n.s. n.s. 2.60 n.s. 2.81 −2.18
 NMB1437 - Hypothetical protein −0.87 n.s. n.s. n.s. n.s. n.s. n.s. n.s.
 NMB1438 - Hypothetical protein −1.26 n.s. n.s. n.s. 1.58 n.s. 1.87 n.s.
 NMB1622 norB Nitric oxide reductase n.s. n.s. n.s. n.s. 5.85 n.s. 5.40 n.s.
 NMB1623 aniA Copper-containing nitrite reductase n.s. n.s. n.s. n.s. 5.67 n.s. 5.55 −4.60
 NMB1829 - TonB-dependent receptor −5.50 n.s. n.s. n.s. n.s. n.s. n.s. n.s.
 NMB1840 - Conserved membrane protein n.s. n.s. n.s. n.s. 1.78 n.s. 3.04 −2.20
 NMB1898 - Lipoprotein −1.11 1.11 −1.17 n.s. n.s. n.s. n.s. n.s.
 NMB1961 - VacJ-related protein n.s. n.s. n.s. n.s. −2.03 n.s. −1.47 1.47
  1. (a) Virulence-associated genes were compiled from table 2 in ref. [21], table 1 in ref. [38], table 11.2 in ref. [39], and Additional file 1 from ref. [40] (see also Additional file 2 : S1). Only those genes are included in the transcriptome comparisons that showed significant expression differences in at least one type of comparison
  2. (b) Positive values indicate that the gene is expressed at higher levels in blood than in saliva
  3. (c) Positive values indicate that the gene is expressed at higher levels in CSF than in blood
  4. (d) Positive values indicate that the gene is expressed at higher levels in strain MC58 than in α522
  5. (e) Positive values indicate that the gene expression difference between saliva and blood is greater in strain MC58 than it is in α522
  6. (f) Positive values indicate that the gene expression difference between blood and CSF is greater in strain MC58 than it is in α522
  7. (g) n. s., not significant
  8. (h) n. d., no data due to missing α522 genome sequence data