Skip to main content

Table 5 Differentially expressed genes involved in transcription and signal transduction (COG categories K and T)

From: Transcriptomic buffering of cryptic genetic variation contributes to meningococcal virulence

Locus Gene Product Log2-fold expression level differences
in MC58 comparing between MC58 and α522 in
Saliva vs. Blood(a) Blood vs. CSF(b) PPM+(c) Saliva(c) Blood(c) CSF(c) Saliva vs. Blood(a) Blood vs. CSF (b)
Phospho transfer and signal transduction systems
 NMB0594 misS Sensor kinase n. s.(d) n. s. n. s. n. s. −2.50 n. s. −2.00 2.51
 NMB0595 misR Response regulator −0.89 1.09 n. s n. s. 1.64 n. s. 1.30 n. s.
 NMB0736 ptsN Nitrogen regulator IIA 1.41 n. s. n. a.(e) n. a. n. a. n. a. n. a. n. a.
 NMB1267 - Tyrosine-phosphatase −1.50 n. s. n. s. n. s. −1.85 n. s. n. s. n. s.
 NMB1250 narP Response regulator −1.57 n. s. n. s. n. s. n. s. n. s. n. s. n. s.
 NMB1792 basS Sensor histidine kinase 4.46 n. s. n. s. n. s. n. s. n. s. n. s. n. s.
HTH-type transcriptional regulators
 NMB0380 fnr Crp/FNR family regulator 1.38 n. s. n. s. n. s. n. s. n. s. n. s. n. s.
 NMB0398 - ArsR-family regulator 2.34 n. s. 1.86 n. s. 2.09 n. s. n. s. n. s.
 NMB0573 - AsnC-family regulator 1.69 n. s. n. s. n. s. n. s. n. s. n. s. n. s.
 NMB0810 - TetR family regulator 1.42 n. s. n. s. n. s. n. s. n. s. n. s. n. s.
 NMB0910 - Putative phage regulator 1.73 n. s. n. s. n. s. n. s. n. s. n. s. n. s.
 NMB1007 - Putative phage regulator 2.29 n. s. n. s. n. s. n. s. n. s. n. s. n. s.
 NMB1009 - Putative phage regulator 3.19 −1.46 n. s. n. s. n. s. n. s. n. s. n. s.
 NMB1378 - Iron-sulphur cluster-assembly repressor IscR −1.67 n. s. n. s. n. s. −1.82 n. s. −2.07 1.77
 NMB1563 - GntR-family regulator n. s. 1.09 n. d.(f) n. d. n. d. n. d. n. a. n. a.
 NMB1711 - FadR-family regulator −3.35 1.52 n. s. n. s. n. s. n. s. n. a. n. a.
 NMB1891 - Putative phage regulator −1.07 n. s. n. s. n. s. −1.37 n. s. −2.29 1.46
 NMB2075 - Bifunctional biotin-[acetyl-CoA-carboxylase] ligase/pantothenate kinase n. s. n. s. n. s. n. s. −1.34 n. s. −1.87 n. s.
Alternative sigma factors
 NMB0712 rpoH Alternative sigma factor σH −2.56 1.22 n. s. n. s. n. s. n. s. n. s. n. s.
 NMB2144 rpoE Alternative sigma factor σE n. s. n. s. n. s. −1.48 −3.25 n. s. n. s. 2.65
Others factors involved in gene regulation and stress response
 NMB0009 - BolA family protein 1.66 −0.99 n. s. n. s. n. s. n. s. n. s. n. s.
 NMB0056 dksA DnaK suppressor protein n. s. n. s. n. s. n. s. −1.44 n. s. n. s. n. s.
 NMB0126 nusG Antitermination factor NusG n. s. −0.99 n. s. n. s. 1.01 n. s. n. s. −1.55
 NMB0282 - Exoribonuclease II/R n. s. n. s. n. s. n. s. −3.57 n. s. n. s. n. s.
 NMB0577 - Truncated NosR-like protein −2.24 1.68 n. s. n. s. n. s. n. s. n. a. n. a.
 NMB0617 rho Termination factor Rho −1.57 n. s. n. s. n. s. n. s. n. s. n. a. n. a.
 NMB0686 rnc Endoribonuclease III −1.68 n. s. n. s. n. s. n. s. n. s. n. a. n. a.
 NMB0787 - Periplasmic amino acid-binding protein 1.93 −1.47 n. s. n. s. n. s. n. s. n. s. n. s.
 NMB1336 - Hypothetical protein n. s. 1.33 n. s. n. s. n. s. n. s. n. s. n. s.
 NMB1368 - Putative RNA helicase n. s. n. s. n. s. 1.27 n. s. n. s. −2.27 n. s.
 NMB1430 greA Elongation factor GreA 1.18 n. s. n. s. n. s. −1.65 n. s. n. s. n. s.
 NMB1493 cstA Carbon starvation protein A n. s. n. s. n. s. n. s. 3.42 n. s. 4.10 −3.44
 NMB1500 - Hypothetical protein n. s. −0.81 n. s. n. s. 1.83 n. s. 2.18 −1.71
 NMB1642 nusA Termination factor NusA n. s. n. s. n. s. n. s. −2.21 n. s. −2.17 1.66
 NMB1653 - Hypothetical protein 1.29 −1.22 n. s. n. s. 2.17 n. s. n. s. −2.25
 NMB1660 rpoZ RNAP omega chain 1.59 n. s. n. s. n. s. n. s. n. s. n. s. n. s.
 NMB1735 relA GTP pyrophosphokinase n. s. n. s. n. s. n. s. 1.82 n. s. n. s. n. s.
 NMB1886 - Hypothetical protein −1.23 n. s. n. s. n. s. n. s. n. s. n. s. n. s.
 NMB1944 - ParB family protein 1.07 n. s. n. s. n. s. n. s. n. s. n. a. n. a.
 NMB1981 - S-ribosylhomocysteinase −1.14 n. s. n. a. n. a. n. a. n. a. n. a. n. a.
 NMB2037   Hypothetical protein 1.22 n. s. n. s. n. s. 1.48 n. s. 2.40 n. s.
  1. (a) Positive values indicate that the gene is highly expressed in blood
  2. (b) Positive values indicate that the gene is highly expressed in CSF
  3. (c) Positive values indicate that the gene is highly expressed in strain MC58
  4. (d) n. s. not significant
  5. (e) n. a. not applicable due to high sequence divergence between bot hhomologs
  6. (f) n. d. no data due to missing α522 genome sequence data