Table 5 Differentially expressed genes involved in transcription and signal transduction (COG categories K and T)
From: Transcriptomic buffering of cryptic genetic variation contributes to meningococcal virulence
Locus | Gene | Product | Log2-fold expression level differences | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
in MC58 comparing | between MC58 and α522 in | |||||||||
Saliva vs. Blood(a) | Blood vs. CSF(b) | PPM+(c) | Saliva(c) | Blood(c) | CSF(c) | Saliva vs. Blood(a) | Blood vs. CSF (b) | |||
Phospho transfer and signal transduction systems | ||||||||||
 NMB0594 | misS | Sensor kinase | n. s.(d) | n. s. | n. s. | n. s. | −2.50 | n. s. | −2.00 | 2.51 |
 NMB0595 | misR | Response regulator | −0.89 | 1.09 | n. s | n. s. | 1.64 | n. s. | 1.30 | n. s. |
 NMB0736 | ptsN | Nitrogen regulator IIA | 1.41 | n. s. | n. a.(e) | n. a. | n. a. | n. a. | n. a. | n. a. |
 NMB1267 | - | Tyrosine-phosphatase | −1.50 | n. s. | n. s. | n. s. | −1.85 | n. s. | n. s. | n. s. |
 NMB1250 | narP | Response regulator | −1.57 | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. |
 NMB1792 | basS | Sensor histidine kinase | 4.46 | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. |
HTH-type transcriptional regulators | ||||||||||
 NMB0380 | fnr | Crp/FNR family regulator | 1.38 | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. |
 NMB0398 | - | ArsR-family regulator | 2.34 | n. s. | 1.86 | n. s. | 2.09 | n. s. | n. s. | n. s. |
 NMB0573 | - | AsnC-family regulator | 1.69 | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. |
 NMB0810 | - | TetR family regulator | 1.42 | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. |
 NMB0910 | - | Putative phage regulator | 1.73 | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. |
 NMB1007 | - | Putative phage regulator | 2.29 | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. |
 NMB1009 | - | Putative phage regulator | 3.19 | −1.46 | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. |
 NMB1378 | - | Iron-sulphur cluster-assembly repressor IscR | −1.67 | n. s. | n. s. | n. s. | −1.82 | n. s. | −2.07 | 1.77 |
 NMB1563 | - | GntR-family regulator | n. s. | 1.09 | n. d.(f) | n. d. | n. d. | n. d. | n. a. | n. a. |
 NMB1711 | - | FadR-family regulator | −3.35 | 1.52 | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. | n. a. | n. a. |
 NMB1891 | - | Putative phage regulator | −1.07 | n. s. | n. s. | n. s. | −1.37 | n. s. | −2.29 | 1.46 |
 NMB2075 | - | Bifunctional biotin-[acetyl-CoA-carboxylase] ligase/pantothenate kinase | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. | −1.34 | n. s. | −1.87 | n. s. |
Alternative sigma factors | ||||||||||
 NMB0712 | rpoH | Alternative sigma factor σH | −2.56 | 1.22 | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. |
 NMB2144 | rpoE | Alternative sigma factor σE | n. s. | n. s. | n. s. | −1.48 | −3.25 | n. s. | n. s. | 2.65 |
Others factors involved in gene regulation and stress response | ||||||||||
 NMB0009 | - | BolA family protein | 1.66 | −0.99 | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. |
 NMB0056 | dksA | DnaK suppressor protein | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. | −1.44 | n. s. | n. s. | n. s. |
 NMB0126 | nusG | Antitermination factor NusG | n. s. | −0.99 | n. s. | n. s. | 1.01 | n. s. | n. s. | −1.55 |
 NMB0282 | - | Exoribonuclease II/R | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. | −3.57 | n. s. | n. s. | n. s. |
 NMB0577 | - | Truncated NosR-like protein | −2.24 | 1.68 | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. | n. a. | n. a. |
 NMB0617 | rho | Termination factor Rho | −1.57 | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. | n. a. | n. a. |
 NMB0686 | rnc | Endoribonuclease III | −1.68 | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. | n. a. | n. a. |
 NMB0787 | - | Periplasmic amino acid-binding protein | 1.93 | −1.47 | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. |
 NMB1336 | - | Hypothetical protein | n. s. | 1.33 | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. |
 NMB1368 | - | Putative RNA helicase | n. s. | n. s. | n. s. | 1.27 | n. s. | n. s. | −2.27 | n. s. |
 NMB1430 | greA | Elongation factor GreA | 1.18 | n. s. | n. s. | n. s. | −1.65 | n. s. | n. s. | n. s. |
 NMB1493 | cstA | Carbon starvation protein A | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. | 3.42 | n. s. | 4.10 | −3.44 |
 NMB1500 | - | Hypothetical protein | n. s. | −0.81 | n. s. | n. s. | 1.83 | n. s. | 2.18 | −1.71 |
 NMB1642 | nusA | Termination factor NusA | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. | −2.21 | n. s. | −2.17 | 1.66 |
 NMB1653 | - | Hypothetical protein | 1.29 | −1.22 | n. s. | n. s. | 2.17 | n. s. | n. s. | −2.25 |
 NMB1660 | rpoZ | RNAP omega chain | 1.59 | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. |
 NMB1735 | relA | GTP pyrophosphokinase | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. | 1.82 | n. s. | n. s. | n. s. |
 NMB1886 | - | Hypothetical protein | −1.23 | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. |
 NMB1944 | - | ParB family protein | 1.07 | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. | n. s. | n. a. | n. a. |
 NMB1981 | - | S-ribosylhomocysteinase | −1.14 | n. s. | n. a. | n. a. | n. a. | n. a. | n. a. | n. a. |
 NMB2037 |  | Hypothetical protein | 1.22 | n. s. | n. s. | n. s. | 1.48 | n. s. | 2.40 | n. s. |