Skip to main content

Table 2 The empirical type I errors of TATES, MANOVA, MultiPhen, mCPC, and GATE when the correlated phenotypes are sampled from direct association model

From: GATE: an efficient procedure in study of pleiotropic genetic associations

  Scenario MAF TATES MANOVA MultiPhen mCPC GATE
m=20 S9 0.05 0.045 0.048 0.050 0.045 0.047
   0.15 0.054 0.049 0.058 0.050 0.048
   0.30 0.051 0.047 0.054 0.043 0.045
   0.50 0.050 0.054 0.056 0.053 0.052
  S10 0.05 0.037 0.054 0.059 0.048 0.052
   0.15 0.035 0.055 0.050 0.046 0.045
   0.30 0.038 0.049 0.055 0.052 0.043
   0.50 0.031 0.043 0.049 0.047 0.047
  S11 0.05 0.041 0.050 0.050 0.052 0.050
   0.15 0.049 0.047 0.054 0.048 0.053
   0.30 0.049 0.054 0.055 0.052 0.054
   0.50 0.060 0.053 0.060 0.052 0.055
  S12 0.05 0.042 0.051 0.057 0.062 0.064
   0.15 0.040 0.047 0.045 0.044 0.048
   0.30 0.041 0.043 0.048 0.045 0.046
   0.50 0.045 0.048 0.052 0.048 0.051
m=100 S13 0.05 0.049 0.044 0.086 0.042 0.044
   0.15 0.060 0.047 0.089 0.046 0.040
   0.30 0.060 0.063 0.119 0.052 0.056
   0.50 0.053 0.041 0.094 0.039 0.051
  S14 0.05 0.031 0.053 0.100 0.059 0.048
   0.15 0.024 0.059 0.092 0.046 0.054
   0.30 0.030 0.051 0.114 0.051 0.058
   0.50 0.030 0.050 0.122 0.046 0.042
  S15 0.05 0.058 0.055 0.106 0.056 0.050
   0.15 0.047 0.051 0.102 0.059 0.043
   0.30 0.042 0.066 0.118 0.061 0.051
   0.50 0.048 0.039 0.103 0.045 0.043
  S16 0.05 0.036 0.055 0.099 0.059 0.053
   0.15 0.041 0.050 0.087 0.055 0.049
   0.30 0.041 0.047 0.110 0.057 0.065
   0.50 0.042 0.065 0.130 0.059 0.052
  1. The number of correlated phenotypes is 20 and 100. Scenario S9-S12 correspond to four correlation structures for m=20 and Scenario S13-S16 are for m=100. For each scenario, four MAFs including 0.05, 0.15, 0.30, and 0.50 are considered. The nominal significance level is 0.05 and 1000 simulation replicates are conducted