ProTstab – predictor for cellular protein stability

BMC Genomics

Table 1 Performance of prediction methods on 10-fold cross validation and blind test

	Performance with top importance features
Measure	50	100	200	300	500	1000	2077
PCC	0.790	0.793	0.790	0.786	0.779	0.772	0.767
RMSE	0.165	0.164	0.165	0.166	0.169	0.171	0.173
R²	30.5	47.8	28.2	35.7	39.2	27.7	32.4
MSE	0.030	0.024	0.030	0.028	0.026	0.029	0.026
MAE	0.133	0.125	0.141	0.133	0.134	0.133	0.135
Blind test
Blind PCC	0.702	0.736	0.735	0.740	0.756	0.755	0.758
Blind RMSE	0.197	0.189	0.189	0.187	0.183	0.184	0.183
Blind R²	−10.9	−8.5	−12.2	−5.1	−1.1	−5.20	−6.7
Blind MSE	0.039	0.036	0.036	0.035	0.033	0.034	0.033
Blind MAE	0.160	0.146	0.145	0.145	0.142	0.142	0.143

ISSN: 1471-2164