Genome-wide association analysis reveals genetic variations and candidate genes associated with salt tolerance related traits in Gossypium hirsutum

Table 2 Summary of polymorphic SNPs mapped in 26 chromosomes of Gossypium hirsutum

Chr.	Chr length (Mb)	No. of SNPs	SNP density (kb/SNP)	Gene diversity	PIC	LD Decay (kb) r² = 0.1 r² = 0.2
A01	99.9	2111	473	0.294	0.235	1145	990
A02	83.5	1228	680	0.344	0.275	1215	903
A03	100.3	1490	673	0.321	0.26	1385	1035
A04	62.9	1138	553	0.314	0.255	1104	974
A05	92.1	2202	418	0.346	0.277	1354	1060
A06	103.2	3924	263	0.232	0.199	1377	1157
A07	78.3	1897	413	0.319	0.259	1258	959
A08	103.7	5209	199	0.224	0.192	1136	891
A09	75	1639	458	0.312	0.252	1299	1028
A10	100.9	2335	432	0.308	0.254	1191	957
A11	93.3	2027	460	0.257	0.215	1194	970
A12	87.5	1498	584	0.306	0.247	1183	915
A13	80	2996	267	0.389	0.305	1358	1058
D01	61.5	2385	258	0.318	0.261	880	435
D02	67.3	1914	352	0.321	0.26	712	599
D03	46.7	934	500	0.27	0.225	1046	803
D04	51.5	863	597	0.331	0.266	953	844
D05	61.9	1206	513	0.308	0.25	1204	816
D06	64.3	2454	262	0.281	0.235	1275	917
D07	55.3	2293	241	0.324	0.264	1124	817
D08	61.9	2463	251	0.306	0.248	909	523
D09	51	1643	310	0.286	0.239	1002	732
D10	63.4	1517	418	0.294	0.241	733	663
D11	66.1	1080	612	0.317	0.257	846	801
D12	59.1	1407	420	0.276	0.228	913	754
D13	60.5	1207	501	0.287	0.236	1325	988
Total	1931.1	51,060	427	0.303	0.248	1120	869

ISSN: 1471-2164