Table 3 Codon usage and codon-anticodon recognition patterns of three Stephania plants

UUU(F)

870/1.20

882/1.23

889/1.22

UUC(F)

trnF-GAA

576/0.80

557/0.77

568/0.78

UUA(L)

749/1.67

768/1.72

757/1.69

UUG(L)

trnL-CAA

581/1.30

556/1.24

567/1.27

CUU(L)

594/1.32

601/1.35

590/1.32

CUC(L)

193/0.43

185/0.41

189/0.42

CUA(L)

374/0.84

368/0.82

371/0.83

CUG(L)

199/0.44

203/0.45

207/0.46

AUU(I)

1065/1.45

1057/1.45

1056/1.46

AUC(I)

trnI-GAU

464/0.63

447/0.61

460/0.63

AUA(I)

674/0.92

677/0.93

659/0.91

AUG(M)

trnM-CAU

625/1.00

613/1.00

613/1.00

GUU(V)

506/1.39

510/1.41

506/1.39

GUC(V)

179/0.49

175/0.48

181/0.50

GUA(V)

537/1.48

534/1.47

535/1.46

GUG(V)

233/0.64

231/0.64

239/0.65

UCU(S)

540/1.56

526/1.56

524/1.55

UCC(S)

trnS-GGA

371/1.07

362/1.07

370/1.09

UCA(S)

trnS-UGA

451/1.31

432/1.28

428/1.26

UCG(S)

199/0.57

191/0.57

196/0.58

CCU(P)

417/1.48

409/1.46

397/1.42

CCC(P)

236/0.84

234/0.84

253/0.90

CCA(P)

trnP-UGG

331/1.17

318/1.14

321/1.15

CCG(P)

142/0.50

156/0.56

150/0.54

ACU(T)

531/1.55

518/1.54

517/1.54

ACC(T)

trnT-GGU

264/0.77

264/0.78

259/0.77

ACA(T)

trnT-UGU

417/1.22

409/1.21

405/1.21

ACG(T)

155/0.45

158/0.47

159/0.47

GCU(A)

623/1.77

606/1.74

601/1.72

GCC(A)

223/0.63

222/0.64

223/0.64

GCA(A)

392/1.11

376/1.08

386/1.11

GCG(A)

174/0.49

191/0.55

186/0.53

UAU(Y)

747/1.59

749/1.57

731/1.57

UAC(Y)

trnY-GUA

192/0.41

205/0.43

201/0.43

UAA(*)

46/1.59

41/1.45

43/1.52

UAG(*)

25/0.86

26/0.92

26/0.92

CAU(H)

490/1.50

475/1.50

468/1.49

CAC(H)

trnH-GUG

163/0.50

158/0.50

162/0.51

CAA(Q)

trnQ-UUG

731/1.53

718/1.53

724/1.52

CAG(Q)

225/0.47

223/0.47

226/0.48

AAU(N)

961/1.52

940/1.51

948/1.51

AAC(N)

301/0.48

307/0.49

305/0.49

AAA(K)

994/1.47

992/1.46

976/1.46

AAG(K)

362/0.53

366/0.54

364/0.54

GAU(D)

872/1.59

856/1.58

859/1.58

GAC(D)

trnD-GUC

227/0.41

226/0.42

229/0.42

GAA(E)

trnE-UUC

958/1.45

953/1.46

953/1.45

GAG(E)

361/0.55

351/0.54

358/0.55

UGU(C)

trnC-GCA

221/1.45

223/1.46

224/1.49

UGC(C)

84/0.55

82/0.54

77/0.51

UGA(*)

16/0.55

18/0.64

16/0.56

UGG(W)

trnW-CCA

470/1.00

465/1.00

465/1.00

CGU(R)

trnR-ACG

352/1.32

352/1.33

358/1.35

CGC(R)

115/0.43

112/0.42

111/0.42

CGA(R)

360/1.35

343/1.30

352/1.32

CGG(R)

125/0.47

132/0.50

124/0.47

AGU(S)

390/1.13

386/1.14

384/1.13

AGC(S)

trnS-GCU

127/0.37

130/0.38

132/0.39

AGA(R)

trnR-UCU

477.1.79

468/1.77

472/1.77

AGG(R)

174/0.64

176/0.67

179/0.67

GGU(G)

588/1.31

584/1.30

583/1.30

GGC(G)

trnG-GCC

168/0.38

176/0.39

171/0.38

GGA(G)

723/1.62

712/1.59

713/1.59

GGG(G)

311/0.69

324/0.72

323/0.72