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Table 1 The recall of the comparative methods with different disease models

From: GEP-EpiSeeker: a gene expression programming-based method for epistatic interaction detection in genome-wide association studies

model id

BOOST

BEAM

AntEpiSeeker

MACOED

EACO

GEP-EpiSeeker

model 1

0.05±0.00 (0.00)

0.02±0.00 (0.00)

0.01±0.00 (0.00)

0.02±0.00 (0.00)

0.09±0.00 (0.00)

0.37±0.03

model 2

0.05±0.01 (0.00)

0±0.00 (0.00)

0±0.00 (0.00)

0.04±0.00 (0.00)

0.11±0.01 (0.00)

0.22±0.02

model 3

0.01±0.00 (0.00)

0±0.00 (0.00)

0.19±0.00 (0.00)

0.27±0.02 (0.00)

0.34±0.01 (0.00)

0.38±0.01

model 4

0.01±0.00 (0.00)

0±0.00 (0.00)

0.31±0.02 (0.00)

0.37±0.01 (0.00)

0.39±0.01 (0.00)

0.43±0.01

model 5

0.58±0.03 (0.00)

0.58±0.002 (0.00)

0.35±0.03 (0.00)

0.43±0.03 (0.00)

0.62±0.03 (0.00)

0.73±0.01

model 6

0.70±0.02 (0.00)

0.45±0.03 (0.00)

0.82±0.04 (0.00)

0.94±0.01 (0.00)

0.94±0.02 (0.03)

0.95±0.01

model 7

0.74±0.03 (0.00)

0.19±0.02 (0.00)

0.84±0.03 (0.00)

1±0.00 (0.00)

0.98±0.02 (0.03)

0.96±0.02

model 8

0.12±0.01 (0.00)

0.03±0.00 (0.00)

0.97±0.02 (0.00)

0.98±0.02 (0.00)

0.98±0.01 (0.00)

1±0.00

model 9

0.10±0.02 (0.00)

0.92±0.02 (0.00)

0.97±0.01 (0.00)

0.97±0.02 (0.00)

0.98±0.02 (0.00)

0.95±0.03

model 10

0.84±0.03 (0.00)

0.84±0.02 (0.00)

0.98±0.01 (0.00)

0.99±0.01 (0.00)

0.98±0.01 (0.00)

1±0.00

model 11

0.98±0.02 (0.07)

0.13±0.03 (0.00)

0.84±0.03 (0.00)

0.97±0.01 (0.00)

0.97±0.01 (0.00)

0.99±0.01

model 12

0.96±0.02 (0.00)

0.11±0.03 (0.00)

0.95±0.03 (0.00)

0.98±0.02 (0.05)

0.97±0.02 (0.00)

0.99±0.01

model 13

0.56±0.04 (0.00)

0±0.00 (0.00)

0.2±0.02 (0.00)

0.20±0.03 (0.00)

0.44±0.04 (0.00)

0.58±0.03

model 14

0.63±0.02 (0.00)

0±0.00 (0.00)

0.19±0.03 (0.00)

0.22±0.03 (0.00)

0.63±0.02 (0.00)

0.69±0.02

model 15

0.62±0.02 (0.02)

0±0.00 (0.00)

0.20±0.03 (0.00)

0.20±0.02 (0.00)

0.60±0.02 (0.00)

0.64±0.02

model 16

0.96±0.02 (0.12)

0±0.00 (0.00)

0.63±0.04 (0.00)

0.64±0.02 (0.00)

0.93±0.02 (0.00)

0.97±0.01

model 17

0.41±0.02 (0.00)

0±0.00 (0.00)

0.11±0.02 (0.00)

0.12±0.03 (0.00)

0.53±0.02 (0.00)

0.56±0.02

model 18

1±0.00 (0.00)

0±0.00 (0.00)

0.75±0.03 (0.00)

0.98±0.02 (0.00)

0.98±0.02 (0.00)

0.95±0.02

model 19

0.59±0.02 (0.00)

0±0.00 (0.00)

0.11±0.03 (0.00)

0.20±0.04 (0.00)

0.61±0.02 (0.00)

0.63±0.01

model 20

1±0.00 (0.00)

0±0.00 (0.00)

0.80±0.03 (0.00)

1±0.00 (0.00)

1±0.00 (0.00)

1±0.00

model 21

0.98±0.02 (1.00)

0±0.00 (0.00)

0.81±0.03 (0.00)

0.98±0.02 (1.00)

0.97±0.02 (0.00)

0.98±0.01

model 22

0.97±0.02 (0.02)

0±0.00 (0.00)

0.62±0.03 (0.00)

0.97±0.02 (0.03)

0.97±0.01 (0.00)

0.98±0.01

  1. Note that the values in brackets are the p-values of the t-test between results of GEP-EpiSeeker and the corresponding comparative method. The best performances of each disease model are shown in bold and italics