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Table 3 The F1 of the comparative methods with different disease models

From: GEP-EpiSeeker: a gene expression programming-based method for epistatic interaction detection in genome-wide association studies

model id

BOOST

BEAM

AntEpiSeeker

MACOED

EACO

GEP-EpiSeeker

model 1

0.08±0.02 (0.00)

0.03±0.02 (0.00)

0.02±0.03 (0.00)

0.04±0.02 (0.00)

0.15±0.03 (0.00)

0.46±0.03

model 2

0±0.00 (0.00)

0±0.00 (0.00)

0±0.00 (0.00)

0.08±0.02 (0.00)

0.19±0.04 (0.00)

0.35±0.03

model 3

0±0.00 (0.00)

0±0.00 (0.00)

0.30±0.04 (0.00)

0.40±0.04 (0.00)

0.46±0.03 (0.00)

0.51±0.03

model 4

0±0.00 (0.00)

0±0.00 (0.00)

0.43±0.04 (0.00)

0.40±0.03 (0.00)

0.49±0.03 (0.00)

0.54±0.03

model 5

0.54±0.03 (0.00)

0.64±0.02 (0.00)

0.50±0.04 (0.00)

0.59±0.03 (0.00)

0.75±0.04 (0.00)

0.84±0.03

model 6

0.62±0.03 (0.00)

0.45±0.02 (0.00)

0.86±0.02 (0.00)

0.96±0.02 (0.04)

0.93±0.03 (0.00)

0.95±0.02

model 7

0.60±0.04 (0.00)

0.15±0.02 (0.00)

0.88±0.03 (0.00)

0.98±0.02 (0.00)

0.96±0.02 (1.00)

0.96±0.02

model 8

0.12±0.04 (0.00)

0.02±0.02 (0.00)

0.97±0.03 (0.00)

0.96±0.02 (0.00)

0.98±0.02 (0.04)

0.99±0.01

model 9

0.11±0.04 (0.00)

0.83±0.03 (0.00)

0.96±0.03 (0.07)

0.98±0.02 (0.03)

0.97±0.02 (0.98)

0.97±0.01

model 10

0.68±0.04 (0.00)

0.79±0.03 (0.00)

0.98±0.02 (0.04)

0.98±0.02 (0.04)

0.98±0.02 (0.04)

0.99±0.01

model 11

0.77±0.03 (0.00)

0.19±0.03 (0.00)

0.90±0.03 (0.00)

0.97±0.02 (0.00)

0.97±0.02 (0.00)

0.99±0.01

model 12

0.78±0.03 (0.00)

0.03±0.02 (0.00)

0.95±0.02 (0.00)

0.98±0.02 (0.04)

0.97±0.03 (0.01)

0.99±0.01

model 13

0.53±0.03 (0.00)

0±0.00 (0.00)

0.33±0.04 (0.00)

0.33±0.03 (0.00)

0.60±0.04 (0.00)

0.72±0.04

model 14

0.57±0.03 (0.00)

0±0.00 (0.00)

0.31±0.05 (0.00)

0.35±0.04 (0.00)

0.73±0.03 (0.00)

0.78±0.02

model 15

0.52±0.04 (0.00)

0±0.00 (0.00)

0.32±0.04 (0.00)

0.32±0.04 (0.00)

0.70±0.04 (0.01)

0.74±0.03

model 16

0.78±0.03 (0.00)

0±0.00 (0.00)

0.75±0.02 (0.00)

0.78±0.04 (0.00)

0.95±0.02 (0.00)

0.98±0.01

model 17

0.41±0.05 (0.00)

0±0.00 (0.00)

0.19±0.04 (0.00)

0.21±0.04 (0.00)

0.62±0.04 (0.45)

0.61±0.04

model 18

0.81±0.03 (0.00)

0±0.00 (0.00)

0.83±0.03 (0.00)

0.97±0.01 (0.02)

0.97±0.01 (0.02)

0.96±0.01

model 19

0.53±0.04 (0.00)

0±0.00 (0.00)

0.19±0.04 (0.00)

0.33±0.04 (0.00)

0.73±0.03 (0.04)

0.75±0.03

model 20

0.77±0.03 (0.00)

0±0.00 (0.00)

0.88±0.05 (0.00)

1±0.00 (0.00)

1±0.00 (0.00)

1±0.00

model 21

0.75±0.03 (0.00)

0±0.00 (0.00)

0.89±0.03 (0.00)

0.97±0.01 (0.03)

0.97±0.02 (0.02)

0.98±0.01

model 22

0.76±0.03 (0.00)

0±0.00 (0.00)

0.76±0.03 (0.00)

0.97±0.01 (0.03)

0.97±0.01 (0.03)

0.98±0.01

  1. Note that the values in brackets are the p-values of the t-test between results of GEP-EpiSeeker and the corresponding comparative method. The best performances of each disease model are shown in bold and italics