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Table 4 Distribution of genes for exocytosis and vesicle transport, ion and calcium binding proteins, PCWDEs and transcription factors over the various expression clusters found. Numbers in bold indicate expression clusters that also contain effector candidates

From: High-throughput time series expression profiling of Plasmopara halstedii infecting Helianthus annuus reveals conserved sequence motifs upstream of co-expressed genes

 

Exocytosis and vesicle transport

Ion channels

Calcium-binding proteins

Plant cell wall degrading enzymes (PCWDE)

Transcription factors

Number of genes

37

53

33

27

135

Cluster ID (Number of genes)

2(1), 3(2), 7(1), 9(1), 11(4), 12(4), 13(2), 14(1), 19(1), 20(1), 21(1), 23(1), 25(1), 28(2), 36(2), 38(1), 41(1), 54(1), 59(1), 66(1), 70(3), 83(1), 95(1), 102(1)

2(1), 3(3), 11(7), 12(2), 13(1), 14(1), 16(1), 20(1), 23(1), 24(5), 25(3), 26(3), 27(2), 29(1), 36(2), 41(3), 42(1), 45(1), 46(1), 50(1), 51(1), 54(1), 56(1), 58(1), 69(1), 70(2), 78(1), 86(1), 99(2), 111(1)

2(4), 3(1), 8(1), 11(4), 13(2), 15(1), 16(1), 18(3), 20(2), 23(1), 24(6), 25(1), 30(1), 47(1), 60(1), 69(1), 71(1), 99(1)

2(1), 3(1), 6(1), 8(2), 11(1), 12(3), 13(1), 23(1), 24(2), 25(1), 29(1), 41(3), 42(1), 46(1), 67(1), 69(1), 83(1), 84(1), 88(1), 90(1), 126(1)

1(1), 2(4), 3(12), 4(1), 7(4), 8(1), 9(1), 11(21), 12(2), 13(5), 14(2), 15(3), 16(1), 18(2), 20(2), 21(3), 23(3), 24(8), 25(2), 26(1), 27(1), 29(1), 30(1), 33(1), 36(1), 37(1), 41(4), 43(2), 45(1), 46(1), 49(1), 50(1), 51(1), 54(6), 58(1), 60(2), 63(2), 65(1), 67(1), 69(4), 70(1), 75(1), 83(1), 86(1), 87(2), 90(1), 94(1), 100(1), 102(1), 105(2), 108(1), 111(1), 112(1), 113(2), 114(1), 117(1), 123(1)