Table 1 Key genes and their regulatory lncRNAs involved in melanization and biomineralization

Melanization

110,463,428

Tyr 1

TCONS_00004873, TCONS_00053074, TCONS_00125024, TCONS_00062895, TCONS_00088543, TCONS_00009210, XR_002463657.1, TCONS_00062902

TCONS_00028231, TCONS_00077335, TCONS_00062898, TCONS_00102934, TCONS_00034553

110,463,665

Tyr 2

TCONS_00004873, TCONS_00125024, TCONS_00062895, TCONS_00062898, TCONS_00009155

110,463,673

Tyr 3

TCONS_00081590, TCONS_00068583, TCONS_00045834, TCONS_00126106, TCONS_00040660, TCONS_00130012, TCONS_00119057, XR_002462369.1

TCONS_00128950, XR_002464096.1, TCONS_00048096, TCONS_00117145, XR_002463842.1, TCONS_00024464, TCONS_00087657, TCONS_00009155

TCONS_00109522, TCONS_00061795

110,463,689

Tyr 4

TCONS_00081590, TCONS_00046855, TCONS_00084794, TCONS_00023420, TCONS_00081589, TCONS_00016124, XR_002464096.1, TCONS_00051920

TCONS_00113324, TCONS_00041417, TCONS_00011307, TCONS_00111152, XR_002462422.1, TCONS_00087657, XR_002463179.1, TCONS_00061430

TCONS_00037395, TCONS_00009155, TCONS_00061795

110,463,699

Tyr 5

TCONS_00122484, TCONS_00062897, TCONS_00053074, TCONS_00083009, TCONS_00025471, TCONS_00125024, TCONS_00062895, TCONS_00088543

TCONS_00004873, XR_002463092.1, XR_002463657.1, TCONS_00028231, TCONS_00067511, TCONS_00077335, TCONS_00062898, TCONS_00062903

TCONS_00102934, TCONS_00128849, TCONS_00062904, TCONS_00009155, TCONS_00034553, TCONS_00127775, TCONS_00062902

110,452,398

Tyr 6

TCONS_00122484, TCONS_00062897, TCONS_00053074, TCONS_00083009, TCONS_00025471, TCONS_00086968, TCONS_00062900, TCONS_00077335

TCONS_00116040, TCONS_00062902, XR_002463092.1, XR_002463657.1, TCONS_00028231, TCONS_00007665, TCONS_00067511, TCONS_00028230

TCONS_00062903, TCONS_00102934, TCONS_00081614, TCONS_00128849, TCONS_00062904, TCONS_00025258, TCONS_00034553, TCONS_00127775

110,467,506

Tyr 7

TCONS_00116040, TCONS_00049064, XR_002461741.1, TCONS_00083009, TCONS_00062896, TCONS_00062900, TCONS_00113324, TCONS_00028230

TCONS_00122484, XR_002463092.1, XR_002463657.1, XR_002462422.1, TCONS_00007665, TCONS_00077335, TCONS_00062903, TCONS_00081614

TCONS_00128849, TCONS_00062901, TCONS_00025258, TCONS_00086831, TCONS_00034553, TCONS_00127775, XR_002461800.1

110,449,337

Tyr 8

TCONS_00081590, TCONS_00013147, TCONS_00020916, TCONS_00092959, TCONS_00111152, XR_002463324.1

110,441,941

Wnt 5b

XR_002463324.1

110,462,039

Wnt 1

XR_002463324.1

110,456,287

Wn 2b-A

XR_002463324.1

110,442,897

Wnt 10a

TCONS_00005674, TCONS_00028956

110,462,024

Wnt 6

TCONS_00122484, TCONS_00062902, TCONS_00062897, TCONS_00053074, TCONS_00083009, TCONS_00025471, TCONS_00125024, TCONS_00062895

TCONS_00004873, TCONS_00088543, TCONS_00098730, XR_002463657.1, TCONS_00028231, TCONS_00067511, TCONS_00077335, TCONS_00062898

TCONS_00102934, TCONS_00128849, TCONS_00062904, TCONS_00034553

110,443,365

Wnt 16

TCONS_00116040, TCONS_00062896, TCONS_00016124, TCONS_00113324, XR_002462422.1, TCONS_00007665, XR_002463179.1, TCONS_00058323

TCONS_00028230, TCONS_00081614, TCONS_00062901, TCONS_00127775

110,447,918

calmodulin

TCONS_00111362, TCONS_00111360, TCONS_00057975, TCONS_00112054, TCONS_00005673, TCONS_00005680, XR_002464796.1

110,443,533

calmodulin

TCONS_00126771

110,465,124

calmodulin

TCONS_00094494

110,464,711

Frizzled 9

TCONS_00078335, TCONS_00084794, TCONS_00092959, TCONS_00002551, TCONS_00081589, TCONS_00113324, XR_002462422.1

Biomineralization

110,453,492

Pif 1

XR_002461890.1, TCONS_00116833

110,440,284

Pif 7

TCONS_00081590, XR_002463842.1, XR_002461905.1, TCONS_00011307, TCONS_00024464, TCONS_00087657, XR_002463179.1, TCONS_00061430

TCONS_00128950, TCONS_00109522, TCONS_00061795, TCONS_00051920, TCONS_00048096, XR_002462369.1, XR_002464096.1, TCONS_00016124

TCONS_00068583, TCONS_00046855, TCONS_00045834, TCONS_00040660, TCONS_00130012, TCONS_00023420, TCONS_00117145

110,457,669

shell matrix protein

TCONS_00081590, TCONS_00046855, TCONS_00023420, TCONS_00081589, TCONS_00016124, XR_002462369.1, XR_002464096.1, TCONS_00051920

TCONS_00128950, TCONS_00011307, TCONS_00111152, XR_002462422.1, TCONS_00087657, XR_002463179.1, TCONS_00061430, TCONS_00037395

TCONS_00061795, TCONS_00041417

110,445,403

Chitin

TCONS_00128950, TCONS_00068583, TCONS_00045834, TCONS_00126106, TCONS_00040660, TCONS_00130012, XR_002462369.1, XR_002464096.1

TCONS_00048096, TCONS_00117145, XR_002463842.1, TCONS_00024464, TCONS_00087657, TCONS_00031534, XR_002463765.1, TCONS_00119057

TCONS_00038196, TCONS_00109522, TCONS_00061795

110,457,124

Chitin

TCONS_00116040, TCONS_00046855, TCONS_00084794, TCONS_00081589, TCONS_00016124, TCONS_00113324, TCONS_00011307, XR_002462422.1

XR_002463179.1, TCONS_00061430, TCONS_00028230, TCONS_00081614, TCONS_00127775

110,457,103

Chitin

TCONS_00116040, TCONS_00083009, TCONS_00062896, TCONS_00093573, TCONS_00062900, TCONS_00077335, TCONS_00061374, XR_002463092.1

TCONS_00122484, XR_002463657.1, TCONS_00061373, XR_002462422.1, TCONS_00007665, TCONS_00058323, TCONS_00028230, TCONS_00062903

TCONS_00081614, TCONS_00128849, TCONS_00062901, TCONS_00086831, TCONS_00034553, TCONS_00127775

110,457,672

Chitin

TCONS_00116040, TCONS_00062902, TCONS_00062897, TCONS_00083009, TCONS_00025471, TCONS_00062900, TCONS_00062899, TCONS_00077335

TCONS_00122484, XR_002463092.1, XR_002463657.1, TCONS_00028231, TCONS_00007665, TCONS_00067511, TCONS_00028230, TCONS_00062903

TCONS_00102934, TCONS_00081614, TCONS_00128849, TCONS_00062904, TCONS_00034553, TCONS_00127775

110,442,859

Laccase

TCONS_00081590, TCONS_00046855, TCONS_00081589, TCONS_00016124, TCONS_00115897, TCONS_00113324, TCONS_00041417, TCONS_00011307

XR_002462422.1, XR_002463179.1, TCONS_00061430, TCONS_00037395, TCONS_00061795

110,442,757

Perlucin

TCONS_00116040, TCONS_00046855, TCONS_00062896, TCONS_00092959, TCONS_00002551, TCONS_00081589, TCONS_00016124, TCONS_00115897

TCONS_00048752, TCONS_00113324, XR_002462422.1, TCONS_00007665, XR_002463179.1, TCONS_00061430, TCONS_00090766, TCONS_00037395

TCONS_00058323, TCONS_00000279, TCONS_00028230, TCONS_00091397, TCONS_00081614, TCONS_00062901, TCONS_00127775

110,451,253

Mucin

TCONS_00116040, TCONS_00083009, TCONS_00084794, TCONS_00113324, XR_002463092.1, XR_002462422.1, TCONS_00038234, TCONS_00028230

TCONS_00081614, TCONS_00038231, TCONS_00124179, TCONS_00127775, XR_002461800.1