Table 3 The substitution model MODELFINDER [101] was used to reconstruct phylogenies based on the maximum-likelihood (ML) criterion in IQ-TREE
Full data (516 taxa) | Subset data (56 taxa) | ||
|---|---|---|---|
Partition | Model | Partition | Model |
(a) Dataset 1 (13PCGs_NT) | |||
 nad2_pos1 | GTR + F + R9 | nad2_pos1 | GTR + F + R5 |
 nad2_pos2 | GTR + F + R6 | nad2_pos2 | GTR + F + I + I + R4 |
 nad2_pos3 | GTR + F + ASC + R8 | nad2_pos3 | K3Pu + F + R6 |
 cox1_pos1 | GTR + F + I + G4 | cox1_pos1 | GTR + F + I + I + R4 |
 cox1_pos2_atp6_pos2 | GTR + F + I + I + R8 | cox1_pos2 | TVM + F + I + I + R3 |
 cox1_pos3_nad3_pos3 | GTR + F + I + I + R20 | cox1_pos3_cox2_pos3_cox3_pos3_nad6_pos3_cob_pos3 | TVM + F + R8 |
 cox2_pos1 | GTR + F + I + G4 | cox2_pos1 | GTR + F + I + I + R5 |
 cox2_pos2 | GTR + F + I + G4 | cox2_pos2_atp6_pos2 | GTR + F + I + I + R3 |
 cox2_pos3_atp6_pos3 | GTR + F + R20 | atp8_pos1_nad6_pos1 | TIM2 + F + I + G4 |
 atp8_pos1 | GTR + F + I + G4 | atp8_pos2_nad6_pos2 | GTR + F + R5 |
 atp8_pos2 | GTR + F + I + G4 | atp8_pos3 | K3Pu + F + R3 |
 atp8_pos3 | GTR + F + I + G4 | atp6_pos1_cob_pos1 | GTR + F + I + I + R5 |
 atp6_pos1_cox3_pos1 | GTR + F + R10 | atp6_pos3_nad3_pos3 | TPM2u + F + I + I + R6 |
 cox3_pos2 | GTR + F + I + G4 | cox3_pos1 | GTR + F + I + G4 |
 cox3_pos3 | GTR + F + ASC + G4 | cox3_pos2_nad3_pos2_cob_pos2 | GTR + F + I + I + R4 |
 nad3_pos1 | GTR + F + I + G4 | nad3_pos1 | GTR + F + I + I + R3 |
 nad3_pos2 | GTR + F + I + G4 | nad5_pos1_nad1_pos1 | GTR + F + I + I + R5 |
 nad5_pos1_nad1_pos1 | GTR + F + R9 | nad5_pos2_nad1_pos2 | GTR + F + I + I + R4 |
 nad5_pos2_nad1_pos2 | GTR + F + I + I + R7 | nad5_pos3 | GTR + F + I + I + R6 |
 nad5_pos3 | GTR + F + I + G4 | nad4_pos1_nad4L_pos1 | GTR + F + R4 |
 nad4_pos1 | GTR + F + I + G4 | nad4_pos2 | GTR + F + R5 |
 nad4_pos2 | GTR + F + I + G4 | nad4_pos3 | TVM + F + I + I + R6 |
 nad4_pos3 | GTR + F + ASC + G4 | nad4L_pos2 | TIM + F + I + I + R3 |
 nad4L_pos1 | GTR + F + I + G4 | nad4L_pos3 | TVM + F + R4 |
 nad4L_pos2 | GTR + F + I + G4 | nad1_pos3 | TIM + F + R5 |
 nad4L_pos3 | GTR + F + ASC + G4 |  |  |
 nad6_pos1 | GTR + F + I + G4 |  |  |
 nad6_pos2 | GTR + F + I + G4 |  |  |
 nad6_pos3 | GTR + F + I + G4 |  |  |
 cob_pos1 | GTR + F + I + G4 |  |  |
 cob_pos2 | GTR + F + I + G4 |  |  |
 cob_pos3 | GTR + F + ASC + G4 |  |  |
 nad1_pos3 | GTR + F + ASC + G4 |  |  |
(b) Dataset 2 (13PCGs_rRNAs_NT) | |||
 nad2_pos1 | GTR + F + R9 | nad2_pos1 | GTR + F + R5 |
 nad2_pos2 | GTR + F + I + I + R7 | nad2_pos2 | GTR + F + I + I + R4 |
 nad2_pos3 | GTR + F + ASC + R9 | nad2_pos3 | GTR + F + R5 |
 cox1_pos1 | GTR + F + I + I + R7 | cox1_pos1 | GTR + F + I + I + R5 |
 cox1_pos2_atp6_pos2 | GTR + F + R7 | cox1_pos2 | TVM + F + I + I + R3 |
 cox1_pos3_cox2_pos3 | GTR + F + I + I + R20 | cox1_pos3_cox2_pos3_nad6_pos3_cob_pos3 | TVM + F + R6 |
 cox2_pos1 | GTR + F + I + I + R6 | cox2_pos1 | GTR + F + I + I + R4 |
 cox2_pos2 | GTR + F + I + I + R6 | cox2_pos2_atp6_pos2 | GTR + F + I + I + R3 |
 atp8_pos1 | TIM3 + F + I + I + R5 | atp8_pos1_nad6_pos1 | TIM2 + F + I + G4 |
 atp8_pos2 | GTR + F + I + I + R5 | atp8_pos2_nad6_pos2 | GTR + F + R5 |
 atp8_pos3 | K3Pu + F + R6 | atp8_pos3 | K3Pu + F + R3 |
 atp6_pos1_cox3_pos1 | GTR + F + R10 | atp6_pos1_cob_pos1 | GTR + F + I + I + R4 |
 atp6_pos3 | TIM2 + F + R15 | atp6_pos3_nad3_pos3 | TPM2u + F + I + I + R5 |
 cox3_pos2 | TVM + F + I + I + R7 | cox3_pos1 | GTR + F + I + G4 |
 cox3_pos3 | GTR + F + ASC + R9 | cox3_pos2_nad3_pos2_cob_pos2 | GTR + F + R4 |
 nad3_pos1 | GTR + F + I + I + R6 | cox3_pos3 | K3Pu + F + R6 |
 nad3_pos2 | TVM + F + I + I + R6 | nad3_pos1 | GTR + F + I + I + R3 |
 nad3_pos3 | GTR + F + I + I + R10 | nad5_pos1_nad1_pos1 | GTR + F + R5 |
 nad5_pos1 | TVM + F + I + I + R10 | nad5_pos2_nad4_pos2 | GTR + F + R5 |
 nad5_pos2_nad1_pos2 | GTR + F + I + I + R7 | nad5_pos3 | K3Pu + F + R5 |
 nad5_pos3_nad4L_pos3 | TIM + F + I + I + R20 | nad4_pos1_nad4L_pos1 | GTR + F + R4 |
 nad4_pos1 | TVM + F + R8 | nad4_pos3 | TIM3 + F + I + I + R6 |
 nad4_pos2 | GTR + F + R7 | nad4L_pos2 | TIM + F + I + I + R3 |
 nad4_pos3 | GTR + F + ASC + R9 | nad4L_pos3 | TPM2u + F + R4 |
 nad4L_pos1 | GTR + F + I + I + R6 | nad1_pos2 | TVM + F + I + I + R4 |
 nad4L_pos2 | GTR + F + I + I + R5 | nad1_pos3 | TPM2u + F + R5 |
 nad6_pos1 | TIM2 + F + R9 | rrnL | GTR + F + I + I + R4 |
 nad6_pos2 | TVM + F + I + I + R7 | rrnS | GTR + F + R4 |
 nad6_pos3 | GTR + F + ASC + R9 |  |  |
 cob_pos1 | GTR + F + I + I + R8 |  |  |
 cob_pos2 | TVM + F + R6 |  |  |
 cob_pos3 | TIM2 + F + ASC + R11 |  |  |
 nad1_pos1 | GTR + F + R7 |  |  |
 nad1_pos3 | TIM + F + ASC + R10 |  |  |
 rrnL | GTR + F + I + I + R7 |  |  |
 rrnS | GTR + F + R7 |  |  |
(c) Dataset 3 (13PCGs_AA) | |||
 nad2_atp6_nad3 | mtMet + F + I + I + R10 | nad2_cox1_cox2_nad4L_cob_nad1 | mtART + F + I + I + R5 |
 cox1_cox3_cob | mtInv + R9 | atp8_atp6_cox3_nad3_nad5 | mtART + F + R5 |
 cox2 | mtMet + I + I + R8 | nad4_nad6 | mtART + F + I + I + R5 |
 atp8 | mtMet + F + I + I + R7 |  |  |
 nad5_nad4_nad4L_nad1 | mtMet + F + I + I + R10 |  |  |
 nad6 | mtMet + F + R10 |  |  |